한국관세무역개발원

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2020.6.17.부터 2020.7.27.까지 수입신고번호 ○○○으로 ○○○ 등(이하 ‘쟁점물품’이라 한다)을 수입하면서 「관세법」 제90조 제1항 제2호에 따라 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소 등의 학술연구용품으로 관세감면(80%)을 신청하였고, 통관지 세관장은 이를 수리하였다.

나. 처분청은 2021.3.25. 「관세법」 제102조 및 「사후관리에 관한 고시」(관세청 고시, 이하 ‘「사후관리 고시」’라 한다) 제22조에 따라 쟁점물품의 용도 외 사용 여부 등에 대한 현지확인을 실시하여 청구법인이 민원인의 의뢰를 받고 시료를 분석하는 용도에 쟁점물품을 사용하면서 수수료를 징수한 사실을 확인하고, 위 경우가 용도 외 사용에 해당하는지에 대하여 2021.5.17. 및 2021.6.28. 관세청장에게 질의하였고, 관세청장은 2021.5.21. 및 2021.7.9. 연구목적 외에 기술분석서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 사용한 경우는 용도 외 사용에 해당한다는 취지로 회신하였다.

다. 이에 처분청은 2021.7.21. 위 관세청장의 회신에 따라 쟁점물품에 대한 감면을 배제하고 관세 ○○○원 및 부가가치세 ○○○원, 합계 ○○○원을 경정·고지(이하 ‘쟁점 처분’이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

재무부장관(현 기획재정부장관)은 1985.3.2. 舊 「보건연구소법」 제2조 제2항의 규정에 따라 지방자치단체의 조례로 설치·운용되는 시·도 보건연구소는 舊 「관세법 시행규칙」 제17조 제2항 제1호의 규정에 의한 관세감면 대상기관이라 회신하였고, 청구법인은 1955.11.17. DDD 조례 제9호에 따라 DDD 위생시험소로 처음 설립되어 舊 「보건연구소법」이 「AAA법」으로 개정됨에 따라 최종적으로 1991.5.10. DDD AAA으로 개칭되었으므로, 청구법인이 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다는 것에 대하여는 이견이 없다 할 것이다.

「관세법」 제102조 제1항에 “제90조에 따라 관세를 감면받은 물품이 수입신고 수리일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기준에 따라 관세청장이 정하는 기간에는 그 감면받은 용도 외의 다른 용도로 사용할 수 없다”고 규정하고 있는데,

이와 관련하여 관세청장은 2008.3.21. ‘학술연구용품 용도 외 사용 여부’라는 회신을 통하여 “BBB, CCC이 학술연구용 등으로 감면받은 물품을 정부사무 위임업무인 시험·분석·검사, 인증업무를 위해 수수료를 받고 사용한 경우 이러한 사용이 용도 외 사용에 해당하는지 여부”라는 질의에 대하여 “「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제23호의 산업기술연구를 위해 설립된 비영리법인인 BBB 등이 법 제90조 제1항 제3호 규정에 의거 학술연구·실험실습·과학기술연구용 등으로 관세감면 받은 물품을 의뢰받은 시험·분석·품질검사 등에 사용하는 것은 기관의 설립목적, 사업 내용, 시험검사 수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때, 법 제102조 제2항 제1호의 용도 외의 다른 용도로 사용하는 것으로 볼 수 없다”고 회신한 바 있다.

위 관세청장의 유권해석이 있은 후부터 현재까지 근거 법령이 개정되는 등 아무런 사정변경이 없었음에도 불구하고, 청구법인이 쟁점물품을 민원사무에 사용하고 법정 수수료를 징수한 것이 용도 외 사용에 해당된다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다.

또한 처분청은 쟁점물품을 순수한 학술연구 활동에 사용한 것이 아니므로 용도 외 사용이라는 의견이나, 청구법인이 쟁점물품을 「AAA법」 및 DDD 행정기구 설치조례에 규정된 시험·연구 사무를 수행하는 데에 사용한 것을 용도 외 사용이라고 보는 것은 아무런 근거 없는 유추해석에 불과하다.

「관세법」 제90조 제1항 제2호는 ‘학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품’이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다고 하면서 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에 기획재정부령으로 정하는 기관의 하나로 ‘「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소·연구소·공공도서관·동물원·식물원 및 전시관(이들 기관에서 사용하기 위하여 중앙행정기관의 장이 수입하는 경우를 포함한다)’을 규정하고 있다.

청구법인의 소관사무는 「AAA법」 제5조 및 「DDD 행정기구 설치 조례」 제27조에 규정되어 있는데, 시험·검사업무와 연구·조사업무로 나눌 수 있고, 시험·검사업무는 「식품위생법」 등 관계 법령에 근거하여 식품의약품안전처 등 중앙행정기관의 당해 연도 업무추진계획에 따라 DDD와 도내 23개 시·군의 의뢰로 수행되는 관원사무와 도내 보건·환경 관련 사업자의 의뢰로 수행되는 민원사무가 있다.

청구법인은 「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제3조에 따라 총리령으로 정하는 시험·검사기관으로 지정되어 있고, 같은 법 제11조에 따라 식품 등을 제조·가공하는 영업자나 위생용품 제조업자(이하 ‘자가품질검사 의무자’라 한다)로부터 시험·검사를 의뢰받은 경우에는 총리령으로 정하는 기준·방법·절차에 따라 시험·검사를 한 후 이를 의뢰한 자에게 총리령으로 정하는 사항이 기재된 시험·검사성적서를 지체없이 발급하여야 한다.

이 과정에서 청구법인은 민원인으로부터 실비 수준으로 책정된 법정 수수료를 징수하는데, 검사항목별 세부금액은 식품의약품안전처고시 「식품·의약품분야 시험·검사 수수료에 관한 규정」 별표 1에서 정하는 바에 따르고, 징수는 DDD 수입증지를 발급하는 방법 등에 의하며, 징수된 수수료는 「지방회계법」 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따라 그 납부기한이 속하는 회계연도의 DDD의 세입금으로 처리한다.

따라서 청구법인이 민원인으로부터 신청이 있는 경우 비록 법정 수수료를 징수한다고 하더라도 이는 영리목적이 아니라 해당 법령에 의거 국가로부터 위임받은 사무를 처리하는데 쟁점물품을 사용하는 것이므로 이는 마땅히 용도 외 사용이 아닌 것이다.

처분청은 타 업체로부터 의뢰 내지 위탁받은 산업 부품 시험검사 등 용역을 수행하고 영리를 취하는 활동에 감면 물품을 사용한 것은 연구개발에 해당하지 않는다는 취지의 판결(서울고등법원 2017.10.10. 선고 2017누46587 판결) 및 공공의료기관의 학술연구용품 감면율 적용 시 순수한 학술연구활동 뿐만 아니라 의료용으로도 사용될 수 있음을 고려한 입법취지, 관련 규정체계 등을 비추어 감면율 80%가 아닌 50% 적용이 타당하다는 취지의 판결(인천지방법원 2015.10.30. 선고 2015구합50836 판결)을 들어 쟁점물품을 용도 외로 사용하였다는 의견이나, 청구법인은 지방자치단체의 직속기관으로 설립된 비영리업인이므로 국가에서 위임받은 사무에 해당하는 시험·검사를 시행하고 법정 수수료를 징수하는 것을 영리를 목적으로 하는 행위라고 보기 어렵고, 위 인천지방법원의 판결은 해당 수입물품을 용도대로 사용하였으나 감면율을 적용함에 있어 80%가 아닌 50%를 적용하는 것이 타당하다는 취지이므로 이 건에 적용하기 어렵다.

나. 처분청 의견

「관세법」 제90조 제1항 제2호는 학교, 공공의료기관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술 연구용으로 사용하는 물품에 대하여 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소를 기획재정부령으로 정하는 기관 중 하나로 규정하고 있다.

위 규정과 관련하여 최근 법원은 ① 타 업체로부터 의뢰 내지 위탁받은 산업 부품 시험검사 등 용역을 수행하고 영리를 취하는 활동에 감면 물품을 사용한 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 판결(서울고등법원 2017.10.10. 선고 2017누46587 판결)한바 있고, ② 공공의료기관의 학술연구용품 감면율 적용 시 순수한 학술연구활동 뿐만 아니라 의료용으로도 사용될 수 있음을 고려한 입법취지, 관련 규정체계 등을 비추어 감면율 80%가 아닌 50% 적용이 타당하다고 판결(인천지방법원 2015.10.30. 선고 2015구합50836 판결)한바 있다.

쟁점물품은 관세 감면율 80%를 적용받은 물품으로 관세청장은 위 규정과 판례에 따라 순수한 학술연구 활동 이외에 민원인에게 기술분석서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 사용한 경우는 용도 외 사용에 해당한다고 유권해석하였다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 바(대법원 2001.3.15. 선고 2000두7131 판결 등 참조), 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에서 사용하는 물품이라고 하더라도 모든 수입물품이 감면대상 물품은 아닐 것이므로 과세의 형평을 위하여 필요한 최소한의 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용 물품에 대해서만 한정하여 관세를 감면하여야 할 것이다.

이 건에 위 규정과 법리를 적용해 보면, 청구법인이 쟁점물품을 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용에 사용하는 경우라야만 관세를 감면받을 수 있을 것인데, 쟁점물품은 ① 「환경분야 시험·검사 등에 관한 법률」 등 관련 규정에 따라 청구법인이 수행하여야 하는 분석 업무, ② 민원인의 의뢰에 따른 성분 분석 업무, ③ 식품의약품안전처 및 그 소속기관 시험·검사의뢰 규칙 등에 따라 해당 기관이 의뢰하는 대상물의 분석 업무에 사용되고 있는 것으로 보인다.

청구법인이 위 ①부터 ③의 업무를 수행하는 것과 관련된 규정에는 쟁점물품이 사용된 시험 및 검사에 관하여 정의하고 있는데, 그 내용들은 유사하여 큰 차이가 없는 바, 그 정의를 종합해 보면, 시험과 조사란 대상물의 성분이나 규격 등에 대하여 측정·분석하여 그 결과값을 도출하는 일련의 과정을 의미한다고 볼 수 있다.

위와 같은 사실관계에 비추어 보면, 청구법인이 관련 법령에 따라 쟁점물품을 사용하여 수행한 ①부터 ③의 업무는 대상물의 분석 또는 측정과 관련된 업무로, 이와 같은 업무에 쟁점물품을 사용한 것이 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용한 것에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

학술연구용품으로 감면받아 수입한 쟁점물품을 민원인에게 기술서비스를 제공하면서 수수료를 받은 것이 용도 외 사용에 해당하는지 여부

나. 관련 법령(발췌)

■ 「관세법」

제90조(학술연구용품의 감면세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.

1. 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용품·교육용품 및 실험실습용품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품

2. 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품

3. 제2호의 기관에서 사용할 학술연구용품·교육용품·훈련용품·실험실습용품 및 과학기술연구용품으로서 외국으로부터 기증되는 물품. 다만 기획재정부령으로 정하는 물품은 제외한다.

4. 기획재정부령으로 정하는 자가 산업기술의 연구개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품

② 제1항에 따라 관세를 감면하는 경우 그 감면율은 기획재정부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 보건환경에 관한 검사 및 연구를 목적으로 「지방자치법」 제113조, 「AAA법」 제2조 및 「DDD 행정기구 설치 조례」 제25조에 근거하여 설립된 DDD 직속기관으로 비영리법인에 해당하는 것으로 보인다.

(2) 청구법인은 아래 ＜표 1(쟁점물품 내역 및 감면세액) : 게재 생략＞과 같이 쟁점물품을 「관세법」 제90조 제1항 제2호에 따라 관세 ○○○원 및 부가가치세 ○○○원을 감면받아 수입한 후 청구법인의 청사에 설치하여 사용 중이다.

(3) 처분청은 2021.3.17. 청구법인에게 쟁점물품의 사후관리 적정 여부를 확인하기 위하여 설치(사용)장소 등을 방문하겠다는 통지를 한 후, 2021.3.25. 청구법인의 소재지를 방문하여 쟁점물품을 확인한 후 쟁점물품의 소관부서에서 수행한 총 시험·검사 건수와 쟁점물품을 민원사무에 사용한 건수를 집계하여 제출할 것을 요청하였다.

이에 청구법인은 2021.3.26.부터 2021.5.14.까지 3차례에 걸쳐 아래 ＜표 2(쟁점물품 민원 사용현황) : 게재 생략＞와 같이 쟁점물품 민원 사용현황을 제출하였다.

(4) 청구법인은 「AAA법」 제5조 및 「DDD 행정기구 설치 조례」 제27조에 규정된 바에 따라 보건 관련 연구와 환경 관련 연구를 소관사무로 수행하고 있는데 주요 내용은 아래 ＜표 3(AAA의 주요 소관사무) : 게재 생략＞과 같다.

(5) 위 청구법인의 소관사무를 업무의 성격에 따라 시험·검사업무와 연구·조사업무로 나누어 쟁점물품을 사용하였던 식품분석과와 약품화학과의 업무에 적용하면 아래 ＜표 4(AAA 소관사무의 성격별 분류) : 게재 생략＞와 같다.

위 시험·검사업무는 「식품위생법」 등 관계 법령에 근거하여 식품의약품안전처 등 중앙행정기관의 당해 연도 업무추진계획에 따라 DDD와 도내 23개 시·군의 의뢰로 수행되는 관원사무와 도내 보건·환경 관련 사업자의 의뢰로 수행되는 민원사무로 나누어지는데, 청구법인은 관원 또는 민원에 따른 시험·검사 결과를 시험성적서로 즉시 발행하는 업무 이외에도, 민원인에게는 사후컨설팅을 제공하여 해당 물품이 관계 법령에서 정한 기준과 규격을 충족할 수 있도록 지원하는 업무도 수행하는 것으로 나타난다.

연구·조사업무는 매년 수립하는 연구·조사계획에 따라 보건·환경 분야의 새로운 분석기법을 개발하거나 응용 가능한 연구의 수행 및 실태조사를 수행하는 것을 말하고, 해당 사업의 결과는 최종 결과 발표 후 AAA보 편찬위원회의 수정·보완을 거쳐 국내·외 학회에 투고하는 한편, 자체적으로 연구논문집을 발간(1998년부터 33회의 연구논문집 발간)하고 있으며, 이때 상시 수행하는 시험·검사업무에서 도출되는 문제점 및 현황 등이 기초자료로 활용되는 것으로 보인다.

한편 청구법인은 식품의약품안전처에서 주관하는 사업으로 「식품위생법」 등 관계 법령에서 식품 등의 기준 및 규격을 주기적으로 평가하고, 재설정하기 위하여 전국 17개 AAA이 협력사업으로 수행하는 식품별 유해오염물질 조사사업 등에도 참여하고 있다.

(6) 자가품질검사 의무자는 「식품위생법」 제31조 또는 「위생용품 관리법」 제13조에서 규정한 바에 따라 주기적으로 제조·가공하는 식품 등이나 위생용품이 해당 법령에서 정한 기준과 규격에 맞는지 검사하여야 하고, 검사를 직접 하기 어려운 경우에는 자가품질위탁 시험·검사기관에 위탁하여 검사하게 할 수 있다.

AAA은 「식품·의약품분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조 제4항 단서 및 같은 법 시행규칙 제3조에 따라 총리령으로 정하는 시험·검사기관으로 지정되어 있고, 같은 법 제11조에 의하여 자가품질검사 의무자로부터 시험·검사를 의뢰받은 경우에는 총리령으로 정하는 기준·방법·절차에 따라 시험·검사 후 이를 의뢰한 자에게 총리령으로 정하는 사항이 기재된 시험·검사성적서를 지체 없이 발급하여야 한다.

청구법인은 위 시험·검사를 하는 경우 민원인으로부터 법정 수수료를 징수할 수 있는데, 검사항목별 세부금액은 식품의약품안전처고시 「식품·의약품분야 시험·검사 수수료에 관한 규정」 별표 1에서 정하는 바에 따르고, 징수는 DDD 수입증지를 발급하는 방법으로 하며, 징수된 수수료는 「지방회계법」 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따라 그 납부기한이 속하는 회계연도의 DDD의 세입금으로 처리한다.

이때 식품의약품안전처가 고시하는 검사수수료는 검사원의 인건비, 일반관리비, 이윤 등이 제외된 실비 수준으로 책정되는데, 예를 들어 위생용품에 대한 중금속 시험의 경우 수수료는 ○○○원인 것으로 확인된다.

(7) 관세청장은 2008.3.21. ○○○로 학술연구용 등으로 감면받은 물품을 정부사무 위임업무인 시험·분석·검사, 인증업무를 위해 수수료를 받고 사용한 경우 이러한 사용이 용도외 사용에 해당하는지에 대한 질의에 대하여 “「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제23호의 산업기술연구를 위해 설립된 비영리법인인 BBB 등이 법 제90조 제1항 제3호 규정에 의거 학술연구·실험실습·과학기술연구용 등으로 관세감면 받은 물품을 의뢰받은 시험·분석·품질검사 등에 사용하는 것은, 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때, 법 제102조 제2항 제1호의 용도외의 다른 용도로 사용하는 것으로 볼 수 없다”는 취지로 회신하였다.

(8) 처분청은 2021.5.17. 관세청장에게 쟁점물품의 용도외 사용 여부에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2021.5.27. ○○○로 처분청에 “「관세법」 제90조 적용을 받은 물품에 대하여, 연구목적 외에 기술분석 서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 감면물품을 사용한 경우 용도 외 사용에 해당함을 회신하니 업무에 참고하시기 바람”이라는 내용으로 회신하였다.

또한 처분청은 2021.6.28. 관세청장에게 위 질의내용과 같은 취지로 재질의하였고, 관세청장은 2021.7.9. ○○○로 위 회신내용과 같은 취지로 회신하였다.

(9) ‘서울고등법원 2017.10.10. 선고 2017누46587 판결’은 ‘대법원 2018.1.31. 선고 2017두66442 판결’(심리불속행 기각)로 확정되었는데, 그 취지는 “원고는 타 업체로부터 위탁받은 산업부품 시험검사 등 용역을 수행하는 데에 이 사건 물품을 사용하는 것은 ‘산업기술의 연구개발’에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다. 원고가 이 사건 물품을 기업부설연구소가 아니라 시험팀으로 하여금 타 업체로부터 의뢰 내지 위탁받은 산업부품 시험검사 등 용역을 수행하고 영리를 취하는 활동을 하는 데에 이 사건 물품을 사용한 것은 위와 같은 연구개발에 해당한다고 보기는 어렵다”는 것으로 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점물품을 민원인에게 기술분석서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 사용하였으므로 용도 외 사용에 해당한다는 의견이므로, 쟁점물품의 용도 외 사용 여부는 수수료를 받는 등 영리활동에 사용하였는지 여부에 있다 할 것이다.

그러나 청구법인은 국민 보건의 증진과 환경보전에 이바지할 목적으로 설립된 지방자치단체의 직속기관으로 비영리법인에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 위 ＜표 3(AAA의 주요 소관사무) : 게재 생략＞과 같이 의약품, 화장품, 식품 및 농·수산물 등에 대한 검사·시험·조사·연구, 보건·환경 관련 검사·시험·조사·연구 이외에도 보건복지부장관, 환경부장관, 식약의약품안전처장, 질병관리청장이 필요하다고 인정하는 검사·시험·조사·연구에 관한 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 시험·검사업무의 경우에도 관원업무가 대부분이고 자가품질검사 의무자 등으로부터 의뢰를 받는 민원업무의 경우 위 ＜표 2(쟁점물품 민원 사용현황) : 게재 생략＞에서 보듯 그 비율이 0.1%∼1.5%에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인이 민원인으로부터 징수하는 시험·검사수수료는 식품의약품안전처장의 정한 고시에 따라 정해지고, 징수는 DDD 수입증지를 발급하는 방식으로 이루어지며, 징수된 수수료는 DDD의 세입금으로 처리되는 것으로 보이는 점, 관세청장의 2021.5.27.자 및 2021.7.9.자 회신내용을 보면 연구 목적 외에 수수료를 받는 등 영리활동에 사용한 경우에 용도 외 사용에 해당한다고 하였고, 관세청장의 2008.3.21.자 회신내용에서도 비영리법인이 의뢰받은 시험·분석·품질검사 등에 사용하는 것은 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때 용도 외 사용이 아니라고 회신한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점물품을 영리활동에 사용하였다는 위 처분청 의견을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서 쟁점물품을 용도 외 사용한 것으로 보아 「관세법」 제90조 제1항 제2호에 따른 감면을 배제하고 관세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「관세법」 제131조, 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.