한국관세무역개발원

1. 처분개요

가. AAA은 반도체 웨이퍼 제조장비를 생산하는 OOO 법인이고, BBB(이하 “BBB”라 한다)은 AAA에 반도체 웨이퍼 제조장비(이하 “쟁점장비”라 한다)를 위탁생산한 후 이를 CCC, DDD 등의 국내 반도체 회사(이하 “국내 고객사”라 한다)에 직접 판매하는 OOO 법인으로, 두 법인 모두 A 그룹 소속이다.

나. 청구법인은 A 그룹 관계사인 EEE, FFF가 지분 91%를 보유한 법인으로, BBB와의 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)에 따라 BBB를 대신하여 국내 반도체 회사에게 판매된 쟁점장비에 대한 판매지원, 설치용역 및 사후 유지보수 용역 및 부품 등을 제공하는 한편, BBB로부터 쟁점장비 관련 2가지 종류의 부품을 수입하고 있는데,

그 중 하나는 BBB가 국내 고객사와 체결한 매매계약에 따라 공급하는 쟁점장비를 구성하는 구성품으로, BBB가 쟁점장비를 선적하는 과정에서 단순 누락하거나 쟁점장비의 구성품이 아닌 사양오류 부품을 선적함에 따라 누락한 부품으로서, 쟁점장비의 설치기간 동안 청구법인이 별도로 무상수입하여 국내 고객사가 자신의 명의로 수입한 쟁점장비와 함께 설치되는 부품(이하 “쟁점부품”이라 한다)이고, 나머지 하나는 쟁점부품을 포함하여 쟁점장비가 국내 고객사의 사업장에 정상적으로 설치 완료(공급)된 이후 이루어지는 하자보증ㆍ유지보수 서비스용으로 유상수입하는 부품(이하 “쟁점외부품”이라 한다)인바,

쟁점부품의 경우 원래 쟁점장비의 구성품이어서 그 대가는 국내 고객사가 BBB에 지급한 쟁점장비의 구매대금에 포함되어 있는 까닭에, 청구법인은 이를 무상으로 수입하되, 다만 쟁점부품에 대한 관세의 과세가격과 관세 등을 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 납부하고, 세관장으로부터 이에 대한 수입세금계산서를 발급받아 관련 매입세액을 공제받아 왔다.

다. OOO지방국세청장은 2021.3.16.∼2021.8.2. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점부품의 수입거래 당사자는 청구법인이 아닌 BBB와 국내 고객사들이고, 따라서 청구법인이 2016년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 BBB와 국내 고객사의 편의를 위해 본인 명의로 쟁점부품을 무상수입하면서 발급받은 공급가액 합계 OOO원의 수입세금계산서(이하 “쟁점매입수입세금계산서”라 한다)는 사실과 다른 세금계산서이므로, 그에 따라 그동안 매입세액으로 공제받은 수입부가가치세 OOO원(이하 “쟁점수입부가가치세액”이라 한다)은 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 없는 금액이어서 매입세액 불공제 대상에 해당한다고 보아, 2021.7.1. 등 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2016년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

<표1> 청구법인에 대한 이 건 부가가치세 부과내역

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.27. 이의신청(2016년 제1기 부가가치세 부과처분에 한함) 거쳐, 2022.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 관련 주요 계약과 그에 따른 거래의 특징 및 세금처리 방식은 다음과 같다.

(가) [계약의 주요 내용] BBB가 국내 고객사와 체결한 쟁점장비 매매계약은 단순한 매매계약이 아니라, 일정한 성능의 보장을 전제로 한 매매와 도급의 혼합계약이고OOO, 청구법인이 BBB와 체결한 쟁점계약은 Intercompany Master Agreement(이하 “이 건 마스터 계약”이라 한다), Non-exclusive Sales Representative Sub-agreement(이하 “이 건 판매지원서비스 계약”이라 한다) 및 Installation & Warranty Agreement(이하 “이 건 설치 및 하자보증서비스 계약”이라 한다) 3가지로 구성되는데, 청구법인이 쟁점계약에 따라, BBB를 대신하여 국내 고객사에게 공급하는 서비스와 그 대가의 수수 방법을 정리하면, 다음과 같다.

1) (판매지원 서비스) 청구법인은 국내 고객사의 주문을 수령하여 BBB에 전달하고, 국내 고객사의 문의 및 요청에 응대하는 등 고객관계를 유지하며, 화물운송과 같은 선적지원 등을 수행하고, 그 대가(수수료)로 BBB로부터 쟁점장비 가격의 4%를 수취한다.

2) (설치 및 하자보증서비스) 청구법인은 국내 고객사의 사업장에 쟁점장비를 설치하고, 그 장비의 정상 가동여부를 확인하며, 국내 고객사의 하자보증서비스 문의ㆍ요청에 응할 뿐만 아니라, 하자 제품의 반송을 포함하여, 국내 고객사에 설치 및 하자보증서비스를 제공하고, BBB로부터 비용 합계액에 5%를 가산한 금액을 그 대가(수수료)로 수취한다.

(나) [청구법인의 쟁점부품 수입 거래] 쟁점장비는 최첨단 기술이 집약된 거대한 반도체 제조장비로, 많게는 수백만개의 부품으로 구성되어 있어, 간혹 사소한 부품들이 누락되거나 잘못 장착되는 경우가 발생하는데, 이 경우 BBB는 쟁점장비의 판매자로서 국내 고객사와 약정한 납기를 준수하기 위하여, 우선적으로 선적된 본체 등을 설치하고 있도록 하는 대신, 청구법인으로 하여금 그 설치기간(통상 6∼8주) 동안 쟁점부품을 수입하여 최종적으로는 쟁점장비가 약정된 ‘설치 완료일’에 무사히 설치완료 및 가동되도록 하고 있으므로, 별도의 국내사업장이 없는 BBB에게 청구법인의 역할이 매우 중요하다. 참고로, 쟁점부품 중 대부분은 케이블ㆍ나사ㆍ링 등으로, 수십억 원을 상회하는 쟁점장비의 구성품 중 극히 일부에 불과한바, 상식적으로 쟁점장비의 공급에 있어 쟁점부품이 차지하는 비중은 미미하다고 봄이 타당하다.

(다) [쟁점부품 등에 대한 수입신고 및 부가가치세 처리] 청구법인은 쟁점계약에 따라 쟁점부품을 무상으로 수입하고 있는데, 국내 고객사와 BBB가 주고받는 견적서ㆍ발주서ㆍ패킹리스트ㆍ상업송장에는 쟁점부품의 사양ㆍ가격 등의 조건이 특정되지 않고, 국내 고객사는 쟁점부품의 존재여부를 불문하고, 쟁점장비 전체에 대하여 약정된 가격으로 쟁점장비의 본체와 그 구성품 일체에 대한 수입신고를 한다.

한편, 청구법인은 항공화물운송장 등 선적 서류상 물품수신인이자 화주(CONSIGNEE), 즉 “수입자”이자 “납세의무자”로서, BBB로부터 쟁점부품을 수입한 후 쟁점부품에 대한 수입신고를 하고, 납부한 ‘관세의 과세가격 및 제세를 합한 금액’을 부가가치세 과세표준으로 하여 세관장에 수입부가가치세를 납부한 후, ‘수입거래의 주체’로서 세관장으로부터 쟁점부품에 대한 수입세금계산서를 발급받아 기납부한 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받고 있다.

(2) 쟁점부품이 물리적으로 쟁점장비의 일부를 구성한다는 것과는 별도로, 관세법령 및 부가가치세법령상 과세기준인 ‘거래’의 측면에서, 쟁점장비의 수입거래와 쟁점부품의 수입거래는 서로 구분되는 별개의 거래이므로, 쟁점장비의 거래당사자는 BBB와 국내 고객사인 반면, 쟁점부품의 거래당사자는 BBB와 청구법인이다.

(가) 국내 고객사는 쟁점부품의 발생여부 및 그 가격 등을 인지하지 못하므로, 쟁점부품이 발생하더라도 쟁점장비 관련 매매계약의 내용을 수정하지 않고, BBB에게 쟁점장비 전체에 대한 약정금액을 지급하는바, 쟁점부품의 존재여부와 무관하게 쟁점장비의 수입거래는 경제적ㆍ법률적으로 완결된다. 이에 따라 BBB는 쟁점부품의 발생여부와 관계없이 국내 고객사에게 쟁점장비를 선적한 후 이것의 인도가 완료된 때 바로 그 대금 전체를 매출로 인식하고, 국내 고객사도 해당 시점에 쟁점장비를 취득한 것으로 인식하는데, 다만 이 경우 BBB에게는 쟁점장비의 공급자로서, 쟁점장비라는 목적물의 관점에서 쟁점부품에 대한 처리 의무가 남으므로, 이로 인하여 청구법인과 BBB 간 쟁점부품 수입거래가 새로이 발생하는 것이다.

(나) 쟁점장비는 국내 고객사의 사업장 환경 등에 적합하게 설치되어야 하므로, BBB로서는 그 현장을 잘 아는 청구법인에게 본인이 공급하여야 하는 설치용역을 위탁하여 수행하도록 하는 것이 합리적이어서 청구법인과 쟁점계약을 체결하게 되었고, 청구법인은 이에 따라 자신의 명의로 쟁점부품을 수입한 것인바, 청구법인은 실제로 쟁점부품을 수입한 뒤 이를 국내 고객사에 설치한 ‘수입의 주체’이지, 단순히 형식상 수입명의자에 불과한 것이 아니다.

(다) 또한, 「부가가치세법」상 재화의 공급은 ‘계약상 원인’에 따라 재화를 인도하는 것을 포함하고, 그 거래당사자는 ‘계약 체결의 주체’로 확정되므로(대법원 2009.5.14. 선고 2007두4896 판결 등), 쟁점장비의 수입 계약과 별개로, BBB와 청구법인 간 쟁점부품의 수입계약이 존재하는 이상, 쟁점부품의 ‘수입자’는 국내 고객사가 아닌 청구법인이 된다. 청구법인은 BBB와의 쟁점계약 체결의 당사자(주체)로서, 이에 따라 쟁점부품을 수입하여 국내 고객사에 설치하는 용역을 공급하는 자로, ‘계약상 원인’에 따라 쟁점장비가 성능을 완전히 발휘하는 데 필요한 판매지원서비스 등의 용역 공급을 자신의 사업으로 영위하면서 이와 관련하여 쟁점부품을 수입하므로, 세법상으로도 단순히 쟁점부품의 형식상 수입명의자에 불과하다 볼 수 없다.

(라) 만약 처분청 의견과 같이, 쟁점부품 수입거래의 실질적 당사자를 국내 고객사와 BBB로 보기 위해서는 국내 고객사가 쟁점부품의 수입 관련 상업서류 및 수입신고필증 등에 기재된 계약 조건에 따라 쟁점부품을 수입한다는 최소한의 합의가 존재하여야 하나, 이러한 사정은 전혀 없고, 오히려 국내 고객사는 쟁점부품의 수입거래 및 그 계약조건에 대해 전혀 관여한 바 없어, 쟁점부품의 누락에도 불구하고 쟁점장비 전체에 대한 당초 약정한 금액을 BBB에게 지불하였다.

쟁점부품의 ‘수입자’를 청구법인이 아닌 국내 고객사로 본다면, 이미 쟁점부품의 누락여부와 관계없이 BBB에게 쟁점장비 전체에 대한 대가를 지불하고 관련 관세 및 수입부가가치세 신고까지 마친 국내 고객사가 기 지급한 쟁점부품의 가격에 대한 관세 및 부가가치세를 한 번 더 신고ㆍ납부하여야 하는 이중과세의 결과마저 초래되고, 쟁점부품의 가격과 수입시점을 알지 못하는 국내 고객사로서는 애초에 세법상 의무를 자발적으로 이행하는 것이 불가능하다.

(마) 부가가치세 측면에서는 청구법인과 BBB가 체결한 쟁점부품의 수입거래에 관한 판매지원계약서가 우선되어야 하는데, 처분청은 국내 고객사와 BBB 간 쟁점장비의 수입거래에만 주목하여 정작 쟁점계약 중 이 건 판매지원계약서상 ‘선적 지원’이라는 문구의 효력을 부인하고 있다. 그러나 처분청은 그간 법인세의 이전가격 관련 쟁점에 있어서는 이 건 판매지원계약서 상 문구에 기반하여 과세하였는바, 부가가치세에 대해서만 해당 계약서를 부인하는 것은 심히 부당하다.

(3) 청구법인은 ‘BBB에 대한 용역 공급’이라는 청구법인의 사업에 사용할 목적으로, 쟁점부품을 수입하였다.

(가) 「부가가치세법」 제38조 제1항 제2호는 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있으므로, ‘사업 관련성’이 인정된다면 그 세액은 당연히 매입세액으로 공제되어야 하는데, 대법원은 호텔 및 숙박업 수행을 위해 필요한 자문 용역 수수료 관련 매입세액(대법원 2016.9.9. 선고 대법원 2016두42173 심리불속행 판결)의 사업 관련성도 인정하는 등 매입세액 공제를 위한 ‘사업 관련성’을 폭넓게 인정하고 있다.

(나) 청구법인의 2019사업연도 개별기업보고서에 의하면, 청구법인은 BBB의 국내 자회사와 유사한 위치에서, BBB에게 판매지원서비스, 설치 및 보증 서비스, 부품판매를 포함한 보증기간 종료 후 서비스 및 현지조달 서비스를 제공하는데, 여기에는 쟁점장비를 설치하여 정상 가동여부를 확인하고, 국내 고객사가 요구하는 성능에 부합하도록 일부 부품을 보완ㆍ교체하여 최종 승인을 받는 것이 포함되며, 청구법인이 BBB를 대신하여 이러한 각종 서비스를 제공하기 위해서는 자체적인 엔지니어들의 기술력과 전문성이 확보되어야 하기 때문에, 청구법인은 엔지니어들을 대상으로 on-the-job 트레이닝 등 인력개발 프로그램까지 운영하고 있다. 이와 같이 청구법인이 A 그룹의 사업상 필요에 의하여 한국에 독립된 법인으로 설립되어 국내 고객사에게 쟁점장비의 판매지원, 설치 및 하자 보증 등의 용역을 공급하면서 그 일환으로 쟁점부품 등을 수입하여 제공하는 것은 지극히 자연스럽고 합리적인 사업형태 및 거래구조이고, 이에 따라 청구법인이 쟁점부품을 무상수입하는 경우 그 ‘사업 관련성’은 충분히 인정된다고 보아야 한다.

(다) 쟁점계약의 내용을 통해서도 ‘사업 관련성’이 확인되는데, 우선 이 건 마스터 계약은 청구법인이 BBB로부터 위탁받아 제공하는 ‘기본서비스 범위’에 판매지원 서비스, 설치 및 하자보증서비스를 포함하고 있고, 구체적인 서비스 제공에 관해서는 BBB와 청구법인이 개별적으로 체결한 계약서를 참고하도록 되어 있다. 이와 같은 위임에 따라 체결된 이 건 판매지원서비스 계약은 쟁점장비와 별도로, 그 일부에 해당하는 부품을 수입하여 고객에 인도하는 것을 지원하는 업무를 청구법인의 의무로 명시하고 있고, 그 과정에서 청구법인이 부담하는 비용은 BBB가 보전하도록 되어 있으며, 이 때 청구법인이 별도로 수입하는 부품은 판매지원서비스 차원에서 제공되는 선적 지원(Shipment Support) 뿐만 아니라 ‘기본 서비스’에 포함되는 기타 서비스, 설치 및 하자보증서비스에 사용될 수 있는 것으로 명시되어 있다. 마지막으로 이 건 설치 및 하자보증서비스 계약을 보면, 청구법인이 설치 및 하자보증서비스를 제공하는 과정에서 사용하는 부품과 관련하여 지출한 비용과 부품을 수입하는데 지출한 기타 비용은 BBB가 청구법인에 지급하는 용역수수료를 통하여 상환되도록 하고 있다.

이러한 쟁점계약의 내용에 의하면, 청구법인의 사업에는 BBB가 국내 고객사에 쟁점장비를 판매하는 전 과정을 지원하고 쟁점장비를 설치하며 최종적으로 고객이 요구한 성능 등 조건에 부합하도록 각종 서비스를 제공하는 것뿐만 아니라, 쟁점장비의 공급과정에서 누락된 쟁점부품 등을 수입하는 것이 포함됨을 확인할 수 있으므로, 쟁점부품의 수입은 청구법인 사업과의 관련성은 충분히 인정된다 할 것이다.

(라) 처분청은 판매지원서비스가 쟁점장비의 매매계약 체결 직전ㆍ직후에 제공되고 쟁점부품은 설치서비스의 대상물에 불과하며 청구법인이 선적지원의 대가로 수수료만을 수취할 뿐 쟁점부품에 대한 매출을 창출하지 못한다는 등의 이유로, 쟁점부품의 수입을 청구법인의 사업으로 볼 수 없다는 의견이나, 판매지원서비스의 범위가 시점에 따라 한정된다는 것은 계약서 그 어디에서도 찾아볼 수 없고, 처분청도 청구법인의 사업에 설치서비스가 포함되고 쟁점부품이 그 서비스 과정에서 제공된다는 것을 부인하지 못하며, 청구법인은 쟁점부품의 재판매업체가 아니라 BBB에 대한 서비스 제공자로서 본인의 사업과 관련하여 쟁점부품을 수입하는 서비스대행업체이므로, BBB로부터 수수료를 수취하는 방식으로 수익을 창출하는 것은 당연하다.

(마) 참고로, 청구법인이 자신의 이름으로 쟁점부품을 수입하여 ‘사업’을 영위하는 것은 국내 고객사와 확립된 거래관행이기도 한데, 쟁점부품은 BBB가 공급하는 쟁점장비 전체에 있어 극히 미미한 비중을 차지하는 소모품 성격의 부품으로, 반도체 제조장비와 같이 고도의 집적화된 최첨단 장비를 제조하는 과정에서는 이러한 사소한 소모품 성격의 부품 누락 내지 불량의 발생은 불가피하므로, 현재의 거래방식은 가장 합리적이고도 효율적인 방식으로서 국내 고객사들도 수십년간 인정해 온 것이다. 만약 처음부터 조금의 누락이나 불량도 허용하지 않는다면, 납기가 지연되어 판매업체인 BBB로서는 계약상 불이익이 발생할 뿐만 아니라, OOOㆍOOO 등 주요 경쟁국과 경쟁 중인 우리나라의 경제적 측면에서도 큰 손실이 발생할 수밖에 없으므로, 국내 고객사들도 쟁점부품의 공급을 ‘계약 변경이 필요한 사유’가 아닌 ‘누락 내지 불량, 성능 보완’이라는 ‘서비스 제공이 필요한 사유’로 취급하여, 약정된 장비 대금을 지급하고 있다.

(4) 상업서류상 쟁점부품의 ‘수입자’가 청구법인이라는 점은 분명하고, 쟁점부품의 소유권은 BBB에서 청구법인으로 이전되었다.

(가) 관세법령 및 부가가치세법령상 각 납세의무자는 ‘수입자’인데, 관세법령상 ‘수입자’는 물품 수입신고 시 화주이고, 화주가 불분명한 경우에는 위탁자와의 수입대행계약에 따라 수입을 위탁받아 수입을 대행하는 자 또는 수입신고 전 이미 양도한 예외적인 경우가 아닌 이상 상업서류를 기준으로 하여, ‘송품장, 선하증권 또는 항공화물운송장상 물품수신인으로 적힌 자’를 말하며, 이는 소유권의 이전 여부나 관세 및 부가가치세의 실제 부담 여부와는 무관하다. 대법원과 조세심판원은 관세의 납세의무자로서 ‘수입자’의 해석이 문제된 사안들에서, 일관되게 ‘납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하므로 당사자들 사이의 계약 내용을 토대로 수입신고서류상 기재된 자가 곧 관세의 납세의무자(수입자)에 해당한다고 보았다OOO

(나) 부가가치세는 각 거래단계에서 창출되는 부가가치에 대해 과세하는 세목으로, 거래의 외형에 주목하는 ‘거래세’의 성격을 가지므로, 부가가치세의 납세의무자가 누구인지 여부 또한 개별 거래행위를 기준으로 판단하여야 하고, 특히 세금계산서 수수가 수반되는 다단계 거래세로서의 부가가치세의 특성을 고려할 때, 거래상대방이 쉽게 인식할 수 있는 자로서 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성한 자를 거래당사자로서 거래에 관한 부가가치세 납세의무자로 보아야 하고, 거래로 인한 이익ㆍ비용 등이 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성하지 아니한 자에게 최종적으로 귀속되었다는 사정만으로 그를 납세의무자로 볼 수는 없다OOO. 조세심판원 또한 부가가치세법령상 ‘공급받는 자’가 누구인지가 쟁점이 된 상황에서 종국적인 비용부담자가 별도로 존재하더라도 그와 무관하게 당사자사이의 계약 내용에 따라 이를 판단하여야 한다고 보았다OOO

(다) 청구법인은 BBB와의 판매지원서비스계약에 따라 쟁점부품을 수입하였고, 쟁점부품의 수입 관련 상업송장, 항공화물운송장을 포함한 상업서류에 모두 청구법인이 물품수신인으로 기재되어 있으며, 수입신고 서류에도 청구법인이 ‘수입자’로 기재되어 있으므로, 당사자 간 계약을 토대로 상업서류 및 수입신고서류에 기재된 청구법인을 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자로 인정하여야 한다.

(라) 만약, 청구법인이 수입대행계약에 따른 수입대행자에 해당한다면 ‘수입자’가 아닐 수도 있겠으나, 청구법인은 쟁점부품의 수입과 관련하여 누구와도 수입대행계약을 체결한 바가 없다. 처분청은 쟁점부품의 ‘수입자’가 청구법인이 아니라고 보면서 여러 판례 및 국세청 유권해석을 제시하고 있으나, 이들은 모두 수입대행계약에 따라 수입을 대행한 자가 ‘수입자’가 아니라는 법리를 재확인한 사안들일 뿐이어서 이 건과 명확하게 구분된다(부산고등법원 2021.2.5. 선고 2020누20613 판결, 대법원 2013.11.14. 선고 2013두11796 판결, 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539 판결, 부산고등법원 2009.6.12. 선고 2008누6103 판결, 국세청 서면-2019-법령해석부가-2944, 2020.1.21., 국세청 서면-2016-부가-3353, 2016.7.12.).

(마) 참고로 쟁점부품의 소유권은 청구법인에게 이전되었다.

1) 「민법」상 동산의 물권 변동은 소유권 이전에 관한 물권적 합의와 인도만 있으면 유효하게 발생하고(제188조), 점유자는 소유의 의사로서 선의 및 평온, 공연하게 점유한 것으로 추정된다(제200조). 청구법인은 쟁점계약에 따라 쟁점부품을 수입한 뒤 이를 청구법인이 지배하는 OOO 소재 창고(청구법인과 GGG 간 계약에 따라 청구법인이 비용을 부담하여 위탁 관리하는 창고임)에 반입하고, 그 결과 쟁점부품은 청구법인에게 인도되어 청구법인이 이를 점유하는데, 청구법인은 재고관리시스템(WMS)을 통해 쟁점부품의 입출고내역을 관리하고, 주기적인 순환 실사(Cycle Count)를 하다가 적절한 시기에 이를 국내 고객사에 대한 설치서비스에 사용하였다. 실제로 청구법인에게 쟁점부품을 수출한 BBB는 이와 같은 사정에 근거하여 “BBB는 쟁점부품이 목적지에 도착하는 즉시 쟁점부품의 소유권이 BBB에서 청구법인으로 이전되었음을 확인한다OOO”는 내용이 명시된 확인서(Confirmation Letter)를 발급하였다. 이를 통해 쟁점부품은 BBB에서 국내 고객사로 이전되기에 앞서 청구법인의 사실상 지배 하에 청구법인이 이를 점유하며 사용·수익함을 확인할 수 있다.

2) 처분청은, BBB가 쟁점장비의 재고 위험을 부담하였고, 청구법인은 쟁점부품을 회계상 재고자산이나 매출로 인식하지 않은 채 BBB로부터 이를 수입하면서 그에 따른 서비스 수수료만을 수취하여 BBB에게 쟁점부품의 매입대가를 지불하지 않았으며, BBB가 청구법인에게 쟁점부품의 거래당사자로서 영향력을 행사하였다는 이유 등에서, 청구법인이 쟁점부품의 소유권을 갖지 못하였다고 보나, BBB는 국내 고객사와의 쟁점장비 수입거래의 당사자로서 쟁점장비에 관한 재고위험을 부담하면서 동시에 청구법인과의 쟁점부품 수입거래의 당사자(판매자)로서 그 영향력을 행사한 것일 뿐이다. 한편, 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1002호 문단 9에 의하면, ‘재고자산은 취득원가와 순실현가능가치 중 낮은 금액으로 측정’하여야 하는데, 청구법인은 쟁점부품을 무상으로 수입하였고 쟁점부품은 그 취득원가인 “OOO원”으로 계상되어 청구법인의 재무상태표에 재고자산으로 표시되지 않았을 뿐이고, 나아가 청구법인은 국내 고객사에 쟁점부품을 판매하기 위하여 수입한 것이 아니라 BBB에게 판매지원서비스를 제공하기 위해서 수입하였으므로 쟁점부품과 관련된 매출은 BBB로부터 받은 대가에 포함되어 있는 것이 당연하다.

3) 이와 같이 BBB와 국내 고객사간 쟁점장비 수입거래와 별개로 청구법인이 쟁점계약에 따라 BBB에 서비스를 제공하는 자신의 사업과 관련하여 쟁점부품을 수입한 이상, 회계상 인식 여부나 매입대가 미지급 사실은 쟁점부품의 수입자가 청구법인이라는 점에는 영향을 미치지 않는다(설령 청구법인이 쟁점부품의 소유권을 OOO로부터 이전 받지 않았더라도, 청구법인이 쟁점부품의 ‘수입자’임은 명확하다).

(5) 재화의 ‘수입자’는 관세의 납세의무자이자 곧 수입부가가치세의 납세의무자이므로, 해당 수입부가가치세에 대하여 ‘수입자’의 사업관련성이 인정되는 이상 이는 부가가치세법령상 공제되는 매입세액이어서, 결국 이 건 쟁점수입부가가치세액은 청구법인이 공제받아야 하는 매입세액에 해당한다.

(가) 국내 사업자의 경우, 그 대가가 OOO원인 용역을 공급할 때 사용하는 재화를 유상(OOO원)으로 구입하였는지 아니면 무상(OOO원)으로 제공받은 것인지와 관계없이 본인이 창출하는 부가가치는 OOO원(용역의 공급대가)이므로, 이에 대해서만 부가가치세를 납부하면 족하고, 이 때 유상매입의 경우 OOO원을, 무상매입의 경우 OOO원을 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고한다. 그런데 이러한 거래가 재화의 수입단계에서 이뤄지는 경우에는 국내 사업자가 외국 사업자로부터 재화를 무상으로 수입(매입액 = OOO원)하였더라도, 그 재화의 관세 과세가격 등(OOO원)을 기준으로 수입부가가치세를 부담하므로, 기신고ㆍ납부한 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받아야 하는 것이다. 이에 대하여 순매출액(OOO원)과 수입부가가치세 과세표준(OOO원)을 단순비교하여 단지 수입부가가치세의 과세표준이 순매출액보다 크다는 이유만으로 매입세액 공제를 부인한다면, 결국 사업자로서는 자신이 창출한 부가가치(OOO원)를 초과하는 부가가치세를 납부하는 결과가 되어 불합리할 뿐만 아니라, 전단계세액공제제도를 채택한 부가가치세의 기본 체계에도 정면으로 위배된다.

(나) 부가가치세법령은 수입부가가치세에 있어 그것이 공제되는 매입세액인지 여부를 판단할 때 ‘사업 관련성’만을 고려하도록 되어 있으므로, 사업자가 무상수입한 원재료를 이용하여 서비스를 제공하는 경우, 그 수입물품에 대한 수입부가가치세는 매입세액 공제대상으로 보아야 한다. 특히 수입세금계산서의 발급은 납세의무자인 수입자가 임의로 하는 것이 아니라 수입부가가치세를 징수하는 세관장이 행하는 것이고, 세관장이 수입부가가치세를 징수하여 수입세금계산서를 발급하였음에도 불구하고, 다시 그 수입세금계산서가 청구법인을 ‘수입한 자’로 ‘잘못’ 발급된 것이라 하여 그 공제를 불허하는 것은 타당하지 않다.

(다) 그간 대법원과 조세심판원은 ‘과세관청은 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하고, 당사자들 사이의 계약내용을 무시하고 (수입한 자가) 수입물품의 구매자가 아닌 판매대리인에 불과하다고 쉽게 단정할 것은 아니다’라고 하면서, 수입신고서류상 확인되는 자를 ‘수입자’로서 관세의 납세의무자로 판단하였는데(대법원 2017.10.26. 선고 2017두55718 심리불속행 기각 확정, 조심 2008관145, 2009.11.9., 국심 2003관61, 2003.10.9. 등), 이에 의하면 항공화물운송장상 물품수신인이자 수입신고서상 화주인 청구법인이 세관장 등으로부터 쟁점부품의 ‘수입자’로 확인되어 그에 따라 관세 및 수입부가가치세를 납부한 후 쟁점매입수입세금계산서를 발급받은 이상, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하고, 처분청이 이를 부인하고 다른 ‘실제 수입’자가 존재한다고 주장하려면, 그에 대한 입증책임은 처분청에게 있다. 참고로 최근 조세심판원은, 내국법인이 다른 계열사와 계약을 체결하여 계열사에 대한 (임가공)서비스를 본인의 사업으로 수행하면서 (임가공)서비스 제공에 필요한 (원)재료를 ‘국외 관계사로부터 무상 수입’한 사안에서, 내국법인이 (원)재료를 수입한 것에 위법한 사정이 없고 이를 가장행위라고 보아 무효화할 수 없고, 그와 같은 ‘수입’은 내국법인의 계열사에 대한 사업 지원이라는 본인의 사업상 업무 범위에 속한다고 볼 수 있으며, 이는 계열사와의 계약에 따른 본인의 의무 이행 내지 서비스 제공을 위한 것으로 이를 단순 수입대행계약으로 볼 수 없고, 납부한 수입부가가치세를 매입세액으로 공제하더라도 조세의 일실이나 탈루가 야기되지 않는다는 점을 고려하여 내국법인이 본인의 사업과 관련하여 (원)재료를 수입한 ‘수입자’로서 매입세액 공제를 허용하여야 한다고 판단하였다(조심 2022서1430, 2022.9.29.).

(라) 기획재정부(재소비 46015-149, 1997.5.12., 부가가치세제과-862, 2007.12.18.)와 국세청(법규 부가 2011-250, 2011.9.1.)도 유권해석을 통해 일관되게, ‘사업 관련성’만을 기준으로 하여 본인의 사업을 위하여 재화를 ‘수입한 자’에 해당하는 경우에는 내국법인이 외국법인과의 계약에 따라 ‘용역을 공급하는 주체’로서 이를 위한 부품을 ‘무상수입’하면서 부담한 수입부가가치세를 매입세액 공제대상으로 보아야 한다는 입장을 견지하고 있다.

(6) 청구법인이 쟁점부품의 ‘수입자’로서 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자라는 점은 2014년경 당시 관세 관련 과세전적부심사청구를 통하여 확인된 사실이고, 그에 따라 관할 세관장은 청구법인의 관세ㆍ수입부가가치세 납부와 청구법인 명의로 수입세금계산서가 발급되는 것이 적정하다고 판단하였다.

(가) 관할 세관장은 2014년경 청구법인이 제기한 관세 관련 과세전적부심사 당시 청구법인의 쟁점부품 수입을 BBB와 국내 고객사 간 거래와 독립된 별개의 거래이고, 이에 따라 청구법인이 쟁점부품을 수입한 자이므로 청구법인이 관세법령상 쟁점부품의 관세에 대한 납세의무자임을 인정하였는데, 관세 납세의무자는 곧 부가가치세법령상 수입부가가치세 납세의무자 및 수입세금계산서의 수취인이므로 청구법인의 명의로 발급된 수입세금계산서에 대하여 달리 문제를 제기할 것이 없었다.

(나) 수입세금계산서에 기재된 자가 형식상 수입명의자에 불과하고 실질적으로 수입한 자가 따로 존재한다면, 수입세금계산서가 잘못 발급된 것일 뿐만 아니라, 그와 같은 형식상 수입명의자는 애당초 관세법령상 관세의 납세의무자가 아닌데, 청구법인은 2014년경 관세 심사 당시부터 현재까지 “BBB–청구법인–국내 고객사”로 이어지는 거래구조의 사업을 계속하여 영위하고 있는바, 이제 와서 처분청이 돌연 과거의 세관장과 그 견해를 달리 하여 청구법인이 ‘수입자’가 아니라고 보아 그 적법성을 함부로 부인하는 것은 타당하지 않다. 처분청 의견과 같이, 쟁점부품의 수입자가 청구법인이 아닌 국내 고객사여서 청구법인 명의로 발급된 쟁점매입수입세금계산서 상 쟁점수입부가가치세액을 매입세액 공제대상으로 인정할 수 없다면, 쟁점부품의 수입에 관하여 청구법인에게 이뤄진 관세 및 수입부가가치세 부과처분 자체가 잘못된 처분이라는 것이 되는바, 이에 따라 세관장과 처분청은 당시 잘못 징수한 관세 및 수입부가가치세를 청구법인에게 환급하여야 한다.

(다) 처분청은, 당시 관세 과세전적부심사의 경우 쟁점부품의 관세 과세가격 산정방법이 쟁점이 되었기 때문에 이 건과 상이하다는 의견이나, 관세법령상 과세가격 산정방법은 누가 쟁점부품의 ‘실질적인 수입자’인지에 따라 달라지므로, 두 사안의 쟁점은 사실상 동일하다.

1) 2014년경 당시 관할 세관장은 당초 청구법인을 쟁점부품의 ‘수입주체’로서 관세의 납세의무자로 보면서도, 청구법인이 납부하여야 할 구체적인 관세의 과세가격 산정과 관련하여, 쟁점부품이 BBB와 국내 고객사 간 거래의 완성을 위해 수입된 것이므로 쟁점부품의 관세 과세가격을 BBB와 청구법인 간 독립된 개별 거래가격이 아니라 BBB와 국내 고객사간 가격에 의해 산정해야 하는 것이 아닌지에 대한 의문을 제기하였다. 이는 쟁점장비 중 누락된 쟁점부품을 추후에 별도로 선적한 것은 일종의 ‘분할 수입’이므로, 기존의 쟁점장비와 마찬가지로 쟁점부품 또한 그 실질적인 소유권자 및 수입 주체는 청구법인이 아닌 국내 고객사임을 전제로 하여, ‘BBB와 국내 고객사’ 간 쟁점장비의 가격이 아니라, ‘BBB와 청구법인’이 협의된 내부이전가격을 기준으로 쟁점부품의 수입신고 및 관세의 신고ㆍ납부를 행한 것은 잘못된 것이 아닌지 의문을 제기한 것이다.

2) 그러나 당시 세관장은 최종적으로, ‘청구법인은 ‘BBB-청구법인’ 간 거래에 따라 쟁점부품의 소유권자이자 수입자로서 관세 납세의무자에 해당하므로, 그에 따라 ‘BBB-국내 고객사’ 간 거래가격이 아니라 ‘BBB-청구법인’ 간 합의된 이전가격에 따라 쟁점부품의 관세 과세가격이 정해지는 것이 타당하다’는 청구법인의 주장을 전면 수용하여 부과한 세액을 환급하였고, 청구법인은 이에 과세전적부심사청구를 취하하였다.

3) 위와 같이, 이미 관세 과세와 관련하여 청구법인이 쟁점부품의 수입주체인 사실이 확인되었고, 청구법인은 그와 동일한 거래를 계속하여 하여 왔는데, 처분청은 돌연 부가가치세의 매입세액 공제 국면에서만 청구법인을 쟁점부품의 수입주체로 볼 수 없다는 것이므로, 청구법인으로서는 이를 도저히 수용할 수 없다. 이러한 과세처분은 관세법령상 ‘수입자’에 대한 해석 권한을 가진 관세청의 견해에 정면으로 배치되어 신뢰보호원칙에 위반되는 것일 뿐만 아니라, 달리 합리적인 근거도 없다.

(7) 이 건 과세처분의 적법성 판단 시, 청구법인이 쟁점매입수입세금계산서를 수취함에 따라 어떠한 조세의 일실이나 탈루도 야기되지 않은 점도 고려되어야 한다.

(가) 청구법인은 세관장에게 적법하게 납부한 수입부가가치세를 부가가치세법령상 전단계매입세액공제원리에 따라 환급받으려는 것으로, 쟁점부품 관련 부가가치세는 모두 국가에 신고ㆍ납부되어 부가가치세 일실이 없었을 뿐만 아니라, 부가가치세 세원관리에도 문제가 발생한 바가 없다.

(나) 처분청은 국내 고객사가 이미 쟁점장비의 수입부가가치세와 관련하여 매입세액을 공제받았으므로, 청구법인이 다시 쟁점수입부가가치세액을 공제받는 경우 이중 매입세액 공제라고 보나, 이는 사실이 아니고, 오히려 청구법인에게 쟁점부품에 대한 수입부가가치세의 매입세액 공제를 허용하지 않는다면, 청구법인은 본인이 창출한 부가가치를 초과하는 과도한 부가가치세를 납부하는 것이 된다.

(다) 대법원은 명의도용 등으로 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우와 같이 ‘세금계산서’ 기재가 일부 사실과 다른 경우라 하더라도, 공급받는 자가 실제 공급자와 세금계산서상 공급자를 다름을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 있을 경우 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 있다고 판시하였는데(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등), 이는 ‘세금계산서’의 기재가 착오로 인하여 일부 사실과 달랐다고 하더라도, 납세자의 입장에서 관련 부가가치세를 성실히 납부한 경우가 있을 수 있고, 그렇다면 단지 세금계산서의 기재가 일부 사실과 다르다는 형식적인 이유만으로 납세자에게 추가로 부가가치세를 납부하도록 강요하고 납세자의 억울한 착오로 국가가 망 외의 이익을 누리는 것은 정의와 형평에 반한다고 보는 것이다. 이러한 대법원의 입장에 의하면, 납세자인 청구법인이 국가기관(세관장)이 발급한 이 건 쟁점매입수입세금계산서를 믿고 이에 따라 매입세액 공제를 받을 수 있다고 신뢰한 것을 보호할 필요성이 매우 크다 할 것이다.

(8) 그 밖의 처분청 의견에 대하여 반박하면, 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점부품이 물리적으로 쟁점장비의 일부를 구성하고 금액상으로도 쟁점장비의 전체 가격에서 상당한 비중을 차지하므로, 쟁점부품 수입거래를 쟁점장비 수입거래와 별개로 볼 수 없다는 의견이나, 실제로 쟁점부품의 가치가 쟁점장비의 가치에서 차지하는 비중은 극히 미미하다(2016∼2020년 기간 동안 국내 고객사에게 판매된 장비 약 3,700대 중 약 1,300대에서만 쟁점부품의 누락이 발생하였고, 그 가치 비중은 연평균 약 0.76%에 불과하다). 나아가 금액 등의 비중을 차치하고서라도, 사법상 별도의 계약이 존재하여 각각 그 사법상 유효성이 인정되는 이상, 거래의 형식이 중요한 부가가치세에 있어 쟁점부품의 수입거래가 쟁점장비의 수입거래에 속한다고 보아 이 둘을 하나로 취급하거나 청구법인의 ‘수입자’로서의 지위를 부인해서는 안 된다.

(나) 처분청 의견과 같이, 쟁점부품의 수입자를 청구법인이 아니라 국내 사업자로 보는 경우, 처분청은 「부가가치세법」 제60조 제3항 제2호 및 「국세기본법」 제47조의3 제2항에 따라 가공세금계산서 수취에 따른 가산세를 중과하여 부과하여야 함에도 불구하고, 쟁점수입부가가치세액을 매입세액에서 불공제하였을 뿐, 달리 가산세를 부과하지는 않았는데, 이는 처분청 스스로도 청구법인이 쟁점부품을 수입한 것은 맞으나, 다만 쟁점수입부가가치세액이 청구법인의 ‘사업과 관련이 없다’고 본 것임을 방증하는 것이다.

(다) 처분청은, 국내 고객사가 통관되지 아니한 쟁점부품의 대가가 포함된 쟁점장비 전액에 대하여 수입신고를 완료하였다면, 국내 고객사가 본인의 명의로 쟁점부품을 수입하면서 수정신고를 통해 기신고ㆍ납부한 관세 등을 환급받았어야 한다는 의견이나, 납기 내에 배송한 장비에 하자가 있어 그 사양이 당초의 계약상 사양과 일치하지 않더라도, 당사자 간에 계약에 따라 가격을 조정하지 않고 약정된 대금을 그대로 지급하였다면, 관세법령상 관세의 과세 가격도 감액된 금액이 아닌 실제 지급한 대금이 되어야 하는 것이어서, 당초 국내 고객사가 쟁점장비 전액에 대하여 수입신고한 것은 관세법령상 적법한 신고에 해당하므로(대법원 1992.11.24. 선고 92도2006 판결, 조심 2010관152, 2010.12.24. 등), 수정신고를 통해 관세를 환급받는 것은 불가능하다.

나. 처분청 의견

(1) [쟁점장비의 공급체계] BBB는 국내 고객사에게 자기 책임으로 쟁점장비를 직접 판매하는 법인이고, 청구법인은 쟁점계약을 통해 BBB에게 사전 판매지원용역(제품소개ㆍ판촉, 주문접수ㆍ전달), 쟁점장비의 설치용역 및 사후 유지보수용역 등을 제공하는 법인이다. 이에 따라 청구법인은 BBB로부터 판매지원 용역에 대한 대가(수수료)로 쟁점장비 판매대금(총액)의 4%를, 설치용역에 대한 대가(수수료)로 총 발생비용(= 시간당 임률 × 용역시간)의 1.05배를, 유지보수 용역에 대한 대가(수수료)로 관련 부품값을 포함한 수리비용의 1.05배를 수취하는데, 무상보증기간이 종료 이후 기간에 대해서는 BBB가 아닌 국내 고객사로부터 유지보수 용역의 대가를 수취한다. 이러한 쟁점장비 관련 일련의 재화ㆍ용역 공급 내용을 정리하면, 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점장비 판매 관련 일련의 경과

OOO

쟁점부품은 쟁점장비의 구성품 중 일부로, BBB가 국내 고객사에 쟁점장비 일체를 공급하는 과정에서 일부 부품이 누락(수입누락부품)되거나 사양에 맞지 않는 부품(사양오류부품)이 발생하는 경우, 국내 고객사의 편의를 위하여 BBB의 요청에 따라 국내 고객사가 아닌 청구법인이 본인 명의로 쟁점부품을 수입하는데, BBB와 청구법인 간 쟁점계약에 의하면, 쟁점장비를 수입하여 고객사에게 인도하여야 할 의무는 BBB에게 있는 바, 최종적으로 쟁점부품을 수입하여 국내 고객사에 인도하여야 할 의무 또한 BBB에 있으나, 다만 국내사업장이 없는 BBB로서는 일시수입물품 등의 예외적인 경우가 아닌 한 수입세금계산서 상 사업자등록번호를 기재할 수 없어 청구법인의 명의로 쟁점부품을 수입하여 국내 고객사에 제공하는 것이다.

(2) [이 건 거래당사자] 쟁점부품의 거래당사자는 BBB와 국내 고객사이다.

(가) 쟁점장비는 BBB와 국내 고객사 간 매매계약에 따라, 국내 고객사가 본인 명의로 수입하고, 그에 따른 수입세금계산서를 발급받아 수입부가가치세를 납부한 후 이를 반도체 공급 시 매입세액으로 공제받는 것이다. 쟁점장비의 대가 또한 국내 고객사가 BBB에게 직접 지급하는데, 해당 쟁점장비의 대가 및 수입세금계산서 상 수입부가가치세에는 쟁점부품의 대가 및 그 수입부가가치세액이 포함되어 있다.

(나) 쟁점부품은 이와 같이, 국내 고객사가 BBB와 직접 매매계약을 체결한 후 그 대가를 지급한 쟁점장비의 일부이므로, 쟁점부품을 포함한 쟁점장비 및 그 일체의 구성품을 공급할 책임은 쟁점장비의 매출자인 BBB에게 있고, 쟁점부품은 BBB의 책임과 계산으로 국내 고객사에게 공급되는 것으로 국내 고객사에게 최종적으로 전달될 때까지 BBB의 공급책임은 종결되지 않는다.

한편, BBB에게 쟁점부품에 대한 대가를 지급하고 이를 구매하는 거래당사자는 국내 고객사이므로, 원칙적으로 쟁점부품의 수입 또한 국내 고객사의 이름으로 이루어져야 하나, BBB는 자신과 거래처인 국내 고객사의 편의를 위하여, 이미 판매된 쟁점부품을 청구법인 명의로 수입통관시키도록 하고 있는 것이므로, 결국 청구법인은 쟁점부품을 수입하는 사실상 도관에 불과할 뿐, BBB로부터 쟁점부품 관련 대가를 수취하거나 국내 고객사에 쟁점부품을 제공하고 그에 따른 세금계산서를 발급하는 거래당사자가 아니다. 만약 청구법인이 쟁점장비의 국내 판매사업자라면, 쟁점장비는 BBB에서 청구법인에게로 수입된 후 국내 고객사에게 판매되는 구조를 띠어야 하고, 그에 따라 청구법인은 쟁점장비 매출에 대한 부가가치세와 법인세를 국내에 납부하여야 하나, 실제로 쟁점장비 판매는 BBB가 국내 고객사에 직접 판매하는바 청구법인은 쟁점장비 매출에 대한 부가가치세 및 법인세를 전혀 납부하지 않는다. 즉, 청구법인과 BBB는 A 그룹이 이전가격 정책에 따라 청구법인의 판매기능이나 고정사업장으로서의 역할을 인정하지 않아 이 건과 같은 왜곡된 거래구조를 행하면서, 수입세금계산서 관련 부가가치세액만큼을 환급받기를 바라는 모순적인 행태를 보이는 것이다.

(다) 쟁점부품의 소유권은 청구법인에게 귀속된 바 없고, 이러한 사실은 청구법인이 쟁점부품의 거래당사자가 아님을 방증하는데, 청구법인과 BBB가 체결한 이 건 판매지원 서비스 계약에 의하면, 청구법인은 쟁점장비 또는 쟁점부품에 관한 판매계약을 체결할 권한이 없고, BBB를 대신하여 재고를 보유할 수 없음이 확인되며, 청구법인의 개별기업보고서(2019년경)상 재고 관련 위험부담에 대한 내용을 보더라도, 쟁점장비(쟁점부품 포함)의 경우 BBB가 직접 고객에게 판매하므로 청구법인은 장비(쟁점부품 포함)에 대한 소유권을 보유하지 않으며 BBB가 대부분의 재고 위험을 부담한다고 명시하고 있다. 만약 청구주장과 같이, 청구법인이 쟁점부품의 실질적 거래주체이고 그에 따라 쟁점부품의 소유권이 청구법인에게 이전되었다면, 청구법인은 쟁점부품을 자신의 재고자산으로 계상하였다가, 그 소유권이 국내 고객사에 이전되는 공급 시점에 쟁점부품의 매출액을 청구법인 본인의 매출로 인식하여야 하는데, 청구법인은 현재까지 쟁점부품에 대해 회계상 재고자산과 매출로 계상한 사실이 없다.

(3) [관세와 부가가치세의 관계] 관세는 물품 수입 시 관세율표에 따라 ‘물품’에 대하여 부과되는 세금인 반면, 부가가치세는 재화ㆍ용역이 공급되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 과세되는 세금으로, 최종적으로 이를 구입ㆍ소비하는 사실에 그 담세력을 인정하여 부과되는 조세이다. 「관세법」 제4조 제1항은 ‘수입물품에 대하여 세관장이 부과ㆍ징수하는 부가가치세를 포함한 내국세등의 부과ㆍ징수ㆍ환급 등에 관하여 「부가가치세법」 등의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다’고 규정하고 있는데, 이러한 취지는 내국세나 그 가산세 등의 부과ㆍ징수ㆍ환급ㆍ결손처분 등에 대한 절차적인 사항에 관해서는 관세법의 규정을 우선 적용하는 것이 관세에 관한 부과ㆍ징수ㆍ환급ㆍ결손처분 등의 절차와 통일성을 기할 수 있음은 물론이고 그 절차의 간소화 또한 가져올 수 있어 조세행정의 능률과 납세자의 편의를 도모하기 위함으로, 부가가치세 등 내국세에 대한 실체적 과세요건(과세물건ㆍ납세의무자ㆍ과세표준ㆍ세율 등)까지 관세법령을 우선 적용하라는 것은 아니라고 보아야 한다. 따라서 세관장이 수입물품에 대하여 부가가치세 등 내국세 본세를 부과ㆍ징수할 때 그 부과대상이나 세액 산정을 위한 실체적 과세요건에 대해서는 「부가가치세법」 등 개별 내국세법의 관련 규정이 적용되어야 하고, 그러한 규정이 관세법령의 관련 규정과 상충된다고 하여 관세법의 규정이 우선 적용되지 않는 것이다(대법원 2006.3.9. 선고 2005두10125 판결 등).

(4) 쟁점부품은 BBB가 국내 고객사에게 판매한 재화로, 형식상 수입자인 청구법인의 명의로 발급된 쟁점매입수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 따라서 이와 관련된 쟁점수입부가가치세액은 매입세액 불공제 대상이다.

(가) 세금계산서는 부가가치세제 운영의 기초가 되는 것으로, 그 정확성과 진실성을 확보하기 위하여 사실과 다른 세금계산서에 대해서는 관련 매입세액을 불공제하는 것인데(헌법재판소 2002.8.29. 선고 2000헌바50 결정), 세금계산서의 기재사항이 사실과 다른지 여부는 법 형식과 그 실질을 함께 고려하여 판단하여야 하고(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 등), 공급받는 자의 등록번호와 관련하여, 공급받는 자를 누구로 확정할 것인가 또한 실질과세의 원칙에 비추어 그 명칭ㆍ형식에 불구하고 거래관계의 실질내용에 따라 판단하여야 한다(대법원 2002.1.8. 선고 2000두79 판결, 대법원 2004.7.22. 선고 2005두1497 판결, 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539ㆍ11546 판결 등).

(나) 이에 대하여 대법원은 형식상 수입신고 명의자에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하므로, 도매업을 영위하는 본점이 판매목적으로 수입하는 재화를 편의를 위하여 제조업을 영위하는 지점명의로 통관하고 수입세금계산서를 수취한 경우, 지점은 형식적 수입자일 뿐이고 형식적 수입자의 등록번호로 발급받은 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다(대법원 2013.11.14. 선고 2013두11796 판결)고 보는 한편, 특정 법인이 외국법인의 업무대행용역을 수행하기 위하여 반드시 필요한 재화를 수입하면서 부담한 수입부가가치세액은 매입세액 공제대상이라고 주장한 사안에서, 해당 법인은 용역 제공 수수료만을 수취하므로 재화의 소유권은 외국법인에게 있고, 해당 법인은 달리 그 재화에 대한 소유권을 취득한 사실이 없으며, 재화의 수입통관 목적은 판매이고 법인이 공급하는 용역은 그 판매에 부수되는 행위에 불과하고, 판매로 인한 수입은 외국법인이 신고하고 해당 법인은 용역의 공급대가인 수수료에 대해서만 매출세액을 신고하며, 계약상 수입부가가치세ㆍ관세ㆍ통관비용은 외국법인이 부담해야 하는 것으로 그 법인이 부담하여야 할 의무가 없는 점 등을 종합하여, 법인이 부담한 수입세금계산서 상 매입세액은 사업과 직접적인 관련이 있는 지출에 대한 것이라 볼 수 없고, 형식적 수입자를 공급받는 자로 하여 작성된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그에 대한 매입세액 불공제는 타당하다고 판단하였을 뿐만 아니라[대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539ㆍ11546(병합) 판결], 또 다른 사안에서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보는 이상, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 것인지는 살펴볼 필요조차 없다고 판시하였다(대법원 2011.4.28. 선고 2009두11546 판결).

(다) 이러한 판시와 함께 다음과 같은 사정을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점부품의 무상수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 아니므로, 쟁점부품의 수입 시 수입세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’에 해당하지 않고, 따라서 쟁점매입수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서인바, 결국 쟁점수입부가가치세액은 매입세액 불공제 대상에 해당한다.

1) 이 건 판매지원서비스 계약에 의하면, BBB는 국내 고객사와의 판매계약에 따라 자신의 책임으로 쟁점부품을 수입하여 이를 고객사에 인도하여야 할 의무가 있는 반면, 청구법인은 쟁점부품을 공급하기 위하여 BBB와 사이에 별도로 쟁점부품 자체에 관한 계약을 체결하였다거나 국내 고객사와 계약을 체결한 사실은 없음을 알 수 있다.

2) 또한, 쟁점부품에 대한 대금은 이미 국내 고객사가 BBB에게 모두 선지불하여, 청구법인이 쟁점부품의 대가를 BBB에 지불하고 다시 국내 고객사로부터 수취한 사실도 없고, 이에 따라 청구법인은 달리 국내 고객사와의 사이에서 쟁점부품에 대한 세금계산서를 수수한 사실도 없다. 청구법인은 쟁점부품을 자신의 자산으로 인식하지 않고, 그저 본인 명의로 수입ㆍ통관절차를 밟았을 뿐인데, 이것조차 본인의 사용ㆍ소비ㆍ판매 목적이 아닌 고객사의 편의를 위한 BBB의 요청에 의한 것일 뿐이다.

3) 반면, 국내 고객사는 BBB와 직접 쟁점장비(쟁점부품 포함)에 대한 매매계약을 체결한 후 그 대금을 모두 BBB에 지급하고, 쟁점부품(수입누락ㆍ사양오류부품)이 존재하나 향후 청구법인의 명의로 수입되어 본인에게 전달된다는 사실도 알고 있으므로, 쟁점부품의 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자는 국내 고객사로 보아야 한다.

(5) 쟁점매입수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점 이외에도 쟁점수입부가가치세액은 매입세액 공제요건을 충족하지 못하였으므로, 불공제 대상에 해당한다.

(가) [부가가치세법령상 매입세액 공제의 요건] 「부가가치세법」 제38조 제1항 제2호에 의하면, 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당하나, 이 때 ‘자기의 사업’이란, 자기 계산에 의한 것으로, 경제적 손익이 자기에게 귀속되는 것을 말한다. 한편, 같은 법 제39조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제77조에 의하면, 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액은 공제되지 아니하고 그 범위는 「법인세법」 제50조 등에서 정하는 바에 따르도록 되어 있는데, 이는 사업자의 사업 관련 재화ㆍ용역의 공급거래에 대하여 부과되는 부가가치세의 특성상 당연히 사업과 직접 관련이 없는 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없기 때문이다. 이 때, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결, 대법원 2007.9.20. 선고 2005두9415 판결).

(나) [‘자기의 사업’ 요건의 미충족] 앞서 살펴본 바와 같이, ‘자기의 사업’이란 자기 계산에 의하여, 경제적 손익이 자기에게 귀속되는 사업을 말하므로, 부가가치 창출이 발생하여야 자기의 ‘사업’에 해당될 수 있는데, 쟁점부품은 청구법인이 BBB에 그 대가를 지급하고 수입한 것이 아니고, 국내 고객사와 별도 계약을 체결하여 국내 고객사에게 용역을 제공하기 위하여 수입한 것도 아니다. 청구법인은 단순히 이를 국내 고객사에게 전달하기 위하여 본인 명의로 수입한 것에 불과하므로, 쟁점부품의 수입은 청구법인의 사업과 관련되지 않고, 청구법인에게 관련 경제적 손익이 귀속되지도 않는다. 오히려 쟁점부품은 이미 국내 고객사가 BBB와 체결한 매매계약에 따라 BBB에게 그 대가를 모두 지불한 것이고, 관세ㆍ수입통관비용 모두 BBB가 부담하므로, 쟁점부품은 청구법인이 아닌 ‘BBB의 사업’을 위하여 제공되는 물품인 것이다. 나아가 BBB-청구법인 간 이 건 판매지원서비스 계약에 의하면, BBB가 관세ㆍ부가가치세 등을 포함한 쟁점장비의 선적에 대하여 단독으로 그 책임을 부담하는 것으로 되어 있으므로, 쟁점부품의 무상수입 관련 부가가치세 또한 청구법인의 부담이 아니다. 쟁점부품은 쟁점장비의 일부로, BBB의 책임과 계산으로 수입되는 것이고 청구법인이 아니라 BBB의 판매 및 국내 고객사의 반도체 생산 관련 사업과 관련된 것이므로, 청구법인이 부담할 의무가 없는 부가가치세를 재화 통관 시 본인 명의로 납부하였다는 사정만으로, 해당 수입부가가치세를 청구법인 자신의 사업과 관련 있는 지출로 볼 수는 없는 것이다. 위와 같은 사실은 청구법인이 본인의 사업을 위하여 수입하는 쟁점외부품과 쟁점부품을 비교할 때 보다 명확해지는데, 두 부품을 비교하면, 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점부품과 쟁점외부품의 비교

OOO

(다) 보다 구체적으로, 청구법인이 BBB에 제공하는 3가지 용역의 내용과 쟁점부품의 수입은 다음과 같이 서로 무관하므로, 쟁점부품은 청구법인의 사업에 사용할 목적으로 수입된 것이 아니고, 원칙적으로 쟁점장비와 동일하게 국내 고객사가 수입하여야 할 쟁점부품을 형식상 청구법인 명의로 무상수입하는 것에 불과하다.

1) [판매지원 용역과의 무관함] 청구법인이 BBB에게 공급하는 판매지원 용역은 BBB가 국내 고객사에게 쟁점장비를 판매하는 과정에서 청구법인이 양자의 의사를 조율(주문 수령, 매출 예측, 고객 문의에 대한 응대 등)하는 것을 말한다. 즉 판매지원 용역이 수행되는 시기는 쟁점장비의 매매계약 성사 및 쟁점장비의 설치 직전ㆍ직후에 한정되므로, 쟁점부품은 판매지원 용역에 부수되는 재화가 아니다. 2017년 1월경 2차 수정계약 당시 판매지원 용역의 범위에 선적지원 업무가 추가되기는 하였으나, 해당 업무는 청구법인이 현지의 수입대행업자의 역할을 하는 것에 불과하고, 그 대가 또한 BBB로부터 쟁점장비의 대금을 분할지급받는 것이 아니라 일정금액의 수수료를 별도로 지급받는 것이므로, 쟁점부품이 판매지원 용역에 부수되는 재화로 변경된 것은 아니다.

2) [쟁점장비 설치용역과의 무관함] 쟁점부품은 원칙적으로 설치용역이 공급되기 전에 국내 고객사가 그 수입을 완료하였어야 할 ‘설치용역’의 대상물에 해당한다. 통상적으로 용역에 부수되는 재화는 용역공급자가 그 용역에 사용할 목적으로 자기 책임 및 계산 하에 조달하여 용역과 함께 공급하는 것을 말하는데, 쟁점부품은 쟁점장비의 일부로 그 수입(조달) 당사자 및 대금 수취자는 각각 국내 고객사와 BBB이므로, 설치용역에 부수되는 재화가 아니다. 즉, 쟁점장비의 본체 및 구성품 일체는 국내 고객사가 BBB로부터 직접 수입하는 것이고, 국내 용역업자인 청구법인은 설치용역(작업)만을 수행하므로, 설치 용역업자인 청구법인이 본인의 계산과 책임으로 쟁점부품을 공급하는 것이 아닌 것이다.

3) [유지보수용역과의 무관함] 청구법인은 쟁점장비 설치 후 1년간 BBB를 대신하여 쟁점장비의 하자를 보증(Warranty)하는 역할을 수행하는데, 이러한 유지보수용역 시 사용되는 부품은 쟁점외부품으로, 당초 수입된 쟁점장비와 독립적으로 청구법인의 계산과 책임 하에 유상수입된다. 이러한 쟁점외부품은 청구법인이 본인의 회계상 재고자산으로 계상하고, 그 대가를 국내 고객사 등으로부터 수취하는바, 쟁점부품은 유지보수용역과 무관하여, 이에 부수되는 재화에 해당하지 않는다.

(6) 이 건 관련 법원 판결 및 조세심판원 결정례와 청구법인이 제시하는 판결ㆍ결정례들을 살펴보면, 다음과 같다.

(가) 청구법인이 들고 있는 조세심판원의 결정례(조심 2022서1430, 2022.9.29.)는 그 청구법인이 직접 국내에 있는 청구외법인과 백금화합물 상품매매계약을 체결하여 이를 제공하고 대가를 받는 것으로, BBB와 국내 고객사들이 직접 쟁점부품을 포함한 쟁점장비의 매매계약을 체결한 이 건과 사실관계가 상이하여 직접 원용할 수 없다.

(나) 한편 대법원은, 구 「부가가치세법」 제16조 제3항은 ‘세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있고, 여기에서 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’란 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이므로, 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 보는 한편(대법원 2016.6.9. 선고 2016두34554 심리불속행 판결 ; 서울고등법원 2016.1.20. 선고 2015누54201 판결), 본점과 지점의 각 사업장을 보유한 원고가 아크릴수지 제조원료인 OOO를 수입하면서 지점 명의로 수입절차를 진행하고 세관장으로부터 지점 명의로 이 사건 각 수입세금계산서를 교부받았지만, 본점에서 OOO에 대한 구매계약을 체결하고 그 대금을 모두 지급한 사안에서, 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 재화를 수입하면서 당해 재화를 직접 사용ㆍ소비ㆍ판매할 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서가 아닌 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과한 다른 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서를 교부받는 것은 수입세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 판시한 바 있다(대법원 2013.11.14. 선고 2013두11796 판결).

(다) 마지막으로 청구법인이 제시한 기획재정부 예규(부가가치세제과-862, 2007.12.18.)는 이 건과 같이 해외법인에서 국내법인으로 소유권이 이전되는 경우에 대한 것이 아니라, 기계장치의 임대차계약에 따른 임차인의 수입 과정에서 무역대행업자가 화주로서 수취한 수입세금계산서 매입세액 공제에 대한 것으로 이 건에 적용하기 적절하지 않은 반면, 다수의 국세청 해석례(국세청 서면-2016-부가-3353, 2016.7.12. 등)에 의하면 수입대행자가 수입세금세산서를 자기명의로 교부받은 경우 당해 매입세액은 공제받을 수 없으므로, BBB의 수입대행자에 불과한 청구법인이 수취한 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 불공제 대상에 해당한다.

(7) 나머지 청구주장에 대하여 살펴보면 다음과 같다.

(가) 청구법인은 조세의 일실이나 탈루가 없으므로 매입세액을 불공제할 이유가 없다고 주장하나, 매입세액의 공제여부는 조세의 일실이나 탈루여부와 관계없이 세법상의 요건을 충족하였는지를 기준으로 판단하는 것으로, 실제로 부가가치세를 납부하고 세금계산서를 수취하였다고 하더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당하거나, 사업과 직접 관련이 없는 지출이거나, 면세사업 관련 및 접대비 등에 관한 매입세액에 해당하면 불공제 되는 것이므로, 관련 매입세액이라 하여 모두 공제대상이 되는 것은 아닐 뿐만 아니라, 쟁점부품은 BBB가 국내 고객사에 판매한 쟁점장비의 일부인데 반하여, 청구법인이 신고ㆍ납부하는 매출세액은 쟁점부품 관련 세액이 아니라 BBB에게 공급한 용역에 대한 세액이므로, 결국 창출한 부가가치에 비해 과다한 매입세액 공제를 받는 것이다. 나아가, 청구법인이 쟁점부품에 대한 매입세액을 공제받는 경우 쟁점부품이라는 하나의 재화에 대하여 국내 고객사와 청구법인이 이중으로 매입세액 공제를 받는 이중적이고도 왜곡된 거래구조가 형성된다는 점에서 이를 부가가치세법령상 적법한 거래로 인정할 수 없다.

(나) 청구법인은 ‘2014년경 관세의 과세전적부심사 당시 관할 세관장이 쟁점장비의 수입거래와 쟁점부품의 수입거래를 별개의 거래로 보고 BBB나 국내 고객사가 아닌 청구법인을 쟁점부품의 실질적인 “수입자”로 인정하였다’고 주장하나, 해당 관세 심사는 직권취소로 종결되어 관세청이 공식적인 결정을 내린 바 없으므로, 청구주장의 타당성을 확인할 수 없고, 특히 해당 심사 사건은 관세법령상 관세의 과세가격의 적정여부가 문제된 ‘관세 관련 사안’이므로, 관할 세무서장이 부가가치세법령상 쟁점수입부가가치세액이 공제대상 매입세액인지 여부를 판단하는 이 건과는 무관하다.

한편, 청구법인은 ‘2014년경 해당 심사 당시 세관장이 청구법인에게 공적견해 표명을 하고, 처분청이 청구법인에게 사실과 다른 세금계산서에 따른 가산세를 부과하지 않은 점 등을 고려하면, 쟁점매입수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 등의 이유로 쟁점수입부가가치세액을 불공제하는 것은 신의성실원칙 내지 신뢰보호의 원칙에 반한다’고 주장하나, 매입세액 공제여부는 관할 세무서장의 권한이므로 세관장의 과거 공적 견해 표명 여부와는 무관하고, 게다가 본세와 가산세의 부과요건은 서로 상이하므로, 가산세가 부과되지 않았다는 사정만으로 매입세액 공제가 타당하다고 볼 수 없다.

(다) 관세는 신고ㆍ납부세목이므로 납세자가 신고한 내용대로 수입세금계산서가 발급되었다는 사정만으로 그 내용이 반드시 적법하다고 단정할 수는 없다.

1) 청구법인이 쟁점부품 수입 당시 본인을 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자로 신고하여 그 세액을 부담하고, 그에 따라 수입세금계산서를 발급받았다는 사정만으로 해당 세금계산서상 납부세액이 추후 당연히 공제되는 것이 아니어서 실제 수입물품의 화주가 아닌 자를 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자로 신고한 경우, 세관장이 그러한 수입신고를 수리하고 세액을 수령하는 것은 사실행위에 불과할 뿐, 부과처분으로 볼 수 없고(대법원 1997.7.22. 선고 96누8321 판결), 이는 관련 수입세금계산서가 발급되었다고 해도 마찬가지이며, 향후 관세 세무조사 결과 명의대여 사실이 확인되면 당초 오발급된 수입세금계산서를 취소하고 실제 수입자에게 새로운 수입세금계산서를 발급할 수 있다(대법원 2016.10.13. 선고 2016두39849 판결).

세관장이 수입물품에 대하여 수입세금계산서를 발급하도록 한 취지는 소비지국 과세원칙을 관철하기 위한 것으로, 세관장이 이에 따라 수입세금계산서를 발급하였다고 해서 그에 따른 매입세액 공제가 정당한지까지 판단한 것은 아니고, 세관장이 발급한 수입세금계산서 상 세액을 매입세액 공제대상으로 인정할지 여부는 부가가치세법령에 따라 독자적으로 판단되는 사항이다.

2) 또한, 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받은 경우 무조건 매입세액 공제대상에 해당한다고 본다면, 국내 사업자 간 세금계산서의 경우에도 그러한 세금계산서 발급만으로 사업 관련 여부와 관계없이 매입세액 공제가 허용되어야 한다는 불합리하고도 부가가치세법령에 반하는 결론이 도출된다.

(라) 청구법인은 ‘쟁점장비의 수입거래와 쟁점부품의 수입거래는 서로 별개의 거래로, 쟁점장비 수입거래의 당사자는 BBB와 국내 고객사인 반면, 쟁점부품 수입거래의 당사자는 BBB와 청구법인이다’라고 주장하나, 쟁점부품을 수입하여 국내 고객사에 인도하여야 할 의무는 청구법인이 아닌 BBB에 있고, 청구법인은 단순히 BBB의 판매대리인일 뿐이므로, 청구주장은 타당하지 않다. 또한, 청구법인도 인정하다시피 쟁점부품은 쟁점장비의 일부이고, 쟁점장비의 거래당사자가 BBB와 고객사인 이상 쟁점장비의 일부만을 떼어서 거래당사자가 청구법인이 될 수는 없다.

(마) 청구법인은 ‘쟁점부품의 수입거래는 BBB와 청구법인 간 계약을 통해 이루어졌으므로, 부가가치세 부과와 관련해서는 BBB-청구법인 간 쟁점부품의 수입거래에 관한 판매지원계약이 우선되어야 한다’고 주장하나, 쟁점부품은 BBB와 국내 고객사 간 쟁점장비의 매매계약에 따라 국내 고객사에게 인도되는 반면, 쟁점부품의 무상수입과 관련하여 BBB-청구법인 간 체결된 명시적인 계약은 없다. 청구주장과 같이 이 건 판매지원서비스 계약서가 부가가치세 측면에서 우선 적용될 이유도 없지만, 그 내용상으로도 쟁점장비 거래와 별개로, 쟁점부품에 대해 별도의 거래가 체결되었다고 볼 근거가 없는 것이다.

(바) 한편, 청구법인은 ‘관세법령 및 부가가치세법령상 소유권 이전 여부 내지 실제 관세ㆍ부가가치세 부담 여부와 관계없이, 상업서류를 기준으로 할 때 쟁점부품의 수입자는 청구법인임이 분명하다’고 주장하나, 수입자가 누구인지는 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 누구인지를 기준으로 판단하는 것이지, 단순히 상업서류상 기재를 기준으로 판단하는 것이 아니다.

(사) 청구법인은 ‘쟁점부품의 소유권이 청구법인에게 이전되었다’고 주장하나, 쟁점부품은 BBB가 국내 고객사에게 인도하여야 할 의무가 있는 물품으로, BBB가 국내사업장을 보유하지 않은 특수성으로 기인하여 청구법인이 BBB의 요청에 따라 일시적으로 쟁점부품을 점유한 후 국내 고객사들에게 전달하는 것에 불과하므로, 쟁점부품이 국내 고객사에게 이전되기 전까지 처분권한은 BBB에게 있고 이것이 국내 고객사에게 전달된 시점부터 그 처분권한이 국내 고객사에게로 직접 이전된다고 봄이 타당하다.

(아) 청구법인은 ‘한국채택국제회계기준 제1002호 문단 9에 의하면, 재고자산은 취득원가와 순실현가능가치 중 낮은 금액으로 측정하도록 되어 있어 쟁점부품의 취득원가인 “0원”으로 계상됨에 따라 청구법인의 재무상태표에 쟁점부품이 재고자산으로 표시되지 않는다’고 주장하나, 쟁점부품은 청구법인의 재고자산이 아니어서 청구법인의 장부에 계상되지 않은 것이다.

1) 청구법인은 세관장으로부터 쟁점매입수입세금계산서를 발급받았고, 「부가가치세법」 제29조 제2항에 따라 ‘재화의 수입에 대한 부가가치세 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세 등을 합한 금액’이므로, 그렇다면 적어도 쟁점매입수입세금계산서가 발급된 쟁점부품에 대해서는 ‘관세의 과세가격과 관세’가 존재하는 것이다. 만일 청구주장과 같이 쟁점부품이 청구법인의 재고자산이라면 쟁점부품이 ‘무상수입’되었다고 하더라도 그 ‘관세와 부대비용’은 취득원가를 구성하므로 ‘취득원가가 OOO원’이라는 청구주장은 전혀 타당하지 않다.

2) 또한, “법인세법 기본통칙” 15-11-3도 ‘법인이 해외에서 물품을 무상으로 수입하는 경우에는 이를 각 사업연도의 소득금액계산상 익금으로 계상하고, 이 경우 익금에 산입한 금액은 당해 물품의 통관 시 관세의 과표금액이 된 감정가격으로 하며 관세 및 부대비용은 취득가액에 합산한다’고 규정하고 있으므로, 청구주장은 근거가 없다.

(자) 청구법인은 ‘청구법인이 관세법령 및 부가가치세법령 상 수입대행계약에 따른 수입대행자에 해당하는 경우 수입자가 아닐 수 있겠으나, 청구법인은 쟁점부품의 수입과 관련하여 그 누구와도 수입대행계약을 체결한 바 없으므로 처분청이 사실관계를 오인하고 있다’고 주장하나, BBB와 청구법인 간 명시적인 ‘수입대행계약’이 체결되지 아니하였더라도 양측이 체결한 이 건 판매지원서비스 계약서에 의하면, 청구법인이 BBB의 대리인으로서 BBB를 위하여 ‘선적지원’ 활동을 수행하는 것으로 되어 있는바, 사실상 수입대행계약이 체결되었다고 봄이 타당하다.

(차) 청구법인은 ‘이 건 판매지원서비스 계약 내용에 의하면, 쟁점부품의 수입이 청구법인의 사업(판매지원서비스 등 서비스 제공)과 관련있음이 명백한 반면, 이를 부인할 어떠한 합리적인 근거가 없다’고 주장하나, 이는 타당하지 않다.

1) 청구법인은, BBB와 체결한 판매지원서비스 계약에 의하면, 판매지원 서비스에는 ‘선적 지원’이 포함되고, 그러한 선적 지원활동의 일환으로서 쟁점부품의 수입 및 국내 고객사로의 인도가 이뤄지는 것이며, 그 과정에서 쟁점장비의 설치 및 보증 등의 서비스도 이행된다고 주장하나, ‘선적 지원’ 관련 내용이 언급된 계약은 이 건 판매지원서비스 계약을 구성하는 ‘비독점 판매대리인 하위계약에 대한 2차 변경계약’(2008.6.30. BBB-청구법인 간 ‘비독점 판매대리인 계약’의 일부를 변경한 계약임)으로, 해당 계약의 제2조 ⒜항은 ‘본 계약의 제반조건에 따라, 제품 공급자(BBB)는 제품 공급자를 대리하여 그의 이름으로 본 계약에 규정된 의무를 이행할 자신의 비독점적 판매대리인으로 현지계열사를 선임하고 현지계열사는 이러한 선임을 수락한다’고 규정하고 있는바, 청구법인은 BBB의 ‘대리인’에 불과한 자로 ‘선적 지원’도 BBB의 대리인의 지위에서 하는 활동에 불과할 뿐, 청구법인의 사업의 일환으로 행하는 것이 아니다. 참고로 새로운 부품의 수입에 대한 통관비용 등을 외국법인이 부담하고 국내 대리인이 세금계산서를 교부받은 경우, 당해 세금계산서의 매입세액은 국내 대리인의 매출세액에서 공제되지 아니한다(국세청 부가 46015-1012, 1995.6.5.).

2) 나아가 쟁점부품은 쟁점장비에 포함되어 이미 BBB가 국내 고객사에 판매한 물품이어서 쟁점부품을 수입하여 고객에게 인도하여야 할 의무는 BBB에게 있고, 실제로 청구법인은 이러한 BBB의 의무 이행을 지원하는 역할을 수행할 뿐이어서 해당 과정에서 발생하는 비용을 BBB로부터 상환받는 것이므로, 쟁점물품의 수입이 마치 청구법인의 독립적 사업인 것처럼 주장하는 것은 사실관계를 호도하는 것이다. 앞서 살펴본 바와 같이, BBB-청구법인 간 “비독점 판매대리인 하위계약에 대한 2차 변경계약”에 의하면, BBB(회사)는 쟁점장비의 선적에 대하여 단독책임이 있고, 계약 변경 당시 추가된 ‘선적 지원’ 또한 ‘BBB(회사)가 국내 고객사에게 수입 및 인도하는 것을 지원’하는 것으로 기재되어 있는 점을 간과해서는 아니 된다.

(카) 청구법인은, 쟁점부품의 누락은 매매계약상 목적물인 쟁점장비의 ‘사소한 하자’이고, 청구법인은 BBB를 대신하여 하자의 보수ㆍ보완의무를 이행하며, 쟁점부품의 금액도 미미하므로 쟁점수입부가가치세액은 공제대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점계약 상 쟁점부품의 누락에 대한 하자 보수의무에 대한 규정은 확인되지 않고, 이러한 누락이 ‘사소한지 여부’는 쟁점부품의 성격과는 무관하다.

1) BBB-청구법인 간 판매지원서비스 계약은 쟁점장비의 공급자인 BBB가 단독으로 쟁점장비(시스템)와 관련하여 숨겨진 하자에 대한 책임과 제조물책임 등을 지고 있음을 명시하고 있을 뿐이고, 청구법인에게 하자보증 의무가 있다는 내용은 전혀 확인되지 않는다.

2) 한편, 쟁점장비의 1대당 가격은 OOO원에 달하고, 청구법인이 조사과정에서 제출한 쟁점부품의 수입내역에 의하면, 쟁점부품 중에는 OOO원 상당의 고액의 부품도 있는바, 금액만 보더라도 쟁점부품을 사소한 부품이라고 단정할 수는 없다.

3) 나아가 국내 고객사로서는 단 1%의 부품만 누락되더라도 쟁점장비의 성능이 제대로 구현되지 않으므로, 단순히 쟁점장비의 비중만으로 쟁점부품의 중요성을 단언할 수 없다. 실제로 쟁점장비와 같은 반도체 제조설비는 고객사 맞춤형으로 설계되어 부품 역시 별도로 생산ㆍ수입되므로, 특별한 사정이 없는 한 모든 부품이 중요하다고 봄이 타당하고, 설령 쟁점부품이 사소한 부품에 해당한다고 보더라도 이것이 BBB의 책임 하에 국내 고객사에 판매된 쟁점장비의 일부인 이상, 그 거래 당사자가 청구법인으로 바뀌는 것은 아니다.

(8) [쟁점부품의 정당한 수입신고방법] 수입신고서 서식을 보면, ‘수입자’와 ‘납세의무자’를 구분하여 기재할 수 있도록 되어 있고, 수입신고서 작성요령에서도 수입자와 납세의무자가 동일한 경우와 그렇지 않은 경우를 별도로 구분하도록 되어 있을 뿐만 아니라, 부가가치세는 당사자 간 약정에 따라 그 부담자를 따로 정할 수 있으므로, 청구법인이 BBB의 부담으로 부가가치세를 납부할 수도 있고(대법원 2002.11.22. 선고 2002다38828 판결 등), 관세 또한 물품을 실제로 공급받는 자가 반드시 이를 부담할 필요는 없다. 결국, 청구법인은 쟁점부품에 대한 수입신고서 상 수입자는 ‘청구법인’으로, 납세의무자는 ‘국내 고객사’로 하고, 국내 고객사는 쟁점부품 중 누락부품에 대해 수정신고를 하여 해당 관세를 환급받고, 부가가치세를 추가로 납부하면 되는 것이다(사양오류부품의 경우에는 설령 기 공급을 받았더라도 동일한 물품이 아니라 다시 수입된 것이므로 고객사의 선택에 따라 매입세액을 공제받더라도 문제될 것이 없다).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부품 수입 시 세관장이 발급한 쟁점매입수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 그에 따른 쟁점수입부가가치세액(매입세액)을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <발췌> 

부가가치세법 제13조(2021.12.08. 법률 제18577호)

제13조(재화의 수입) 재화의 수입은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 국내에 반입하는 것[대통령령으로 정하는 보세구역(이하 이 조에서 “보세구역”이라 한다)을 거치는 것은 보세구역에서 반입하는 것을 말한다]으로 한다.
  1. 외국으로부터 국내에 도착한 물품[외국 선박에 의하여 공해(公海)에서 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다]으로서 수입신고가 수리(受理)되기 전의 것
  2. 수출신고가 수리된 물품[수출신고가 수리된 물품으로서 선적(船積)되지 아니한 물품을 보세구역에서 반입하는 경우는 제외한다]
 

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인에 대한 2016년 제1기∼2020년 제2기 전체 부가가치세의 부과내역

(나) 청구법인이 제출한 월별납부서 겸 영수증서(수입신고번호 : 41221, 수입징수관서 : OOO세관) 등에 의하면, 청구법인은 2019.11.29. 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 납부한 후, 같은 날 OOO세관장으로부터 이에 대한 수입전자세금계산서(승인번호 20191129-420*****-********)를 발급받아, 위 수입부가가치세를 그대로 매입세액 공제받은 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 쟁점부품의 수입 관련 선적서류로, 일부 수입신고필증과 상업송장 등을 제출하였는데, 2019.11.5.자 수입분에 대한 수입신고필증 상 수입자 및 납세의무자는 모두 청구법인으로 기재되어 있고, 2019.11.1.자 상업송장 상 ‘CONSIGNEE(수출물품을 인도 받는 자)’와 ‘SOLD TO(구입한 자)’ 또한 모두 청구법인으로 기재되어 있다.

(라) 쟁점계약은 이 건 마스터 계약을 기본으로 하여, 그 하위계약인 이 건 판매지원서비스 계약과 이 건 설치 및 하자보증서비스 계약으로 구성되는데, 각 계약의 주요내용은 다음과 같다.

1) 이 건 마스터 계약은 BBB가 청구법인에게 판매지원 서비스, 설치 및 하자보증 서비스 등을 기본 서비스 범위로 하여 이를 위탁하는 내용의 계약으로, 당초 BBB가 2005.3.28. OOO(현지계열사)와 이를 체결하였다가, 청구법인이 2012.12.31. OOO로부터 양수한 것으로, 그 내용상 ‘예비부품 하도급계약’, ‘비독점 판매대리점 하도급계약 및 설치ㆍ보증하도급계약’과 연동되어 있으며, 설치 및 하자보증 서비스 외에 재고관리, 판매 및 마케팅 서비스 등이 포함되어 있는 것으로 나타난다.

2) 이 건 판매지원서비스 계약은 이 건 마스터 계약의 하위 계약으로, 청구법인이 BBB를 대신하여 BBB의 국내 고객사에게 점장비의 판매와 관련된 각종 지원서비스를 제공하는 내용이며, 2014.6.2.과 2017.1.27. 이에 대한 일부 변경이 있었는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

가) 청구법인은 제품 공급자를 대리하여 제품공급자의 이름으로 판매계약을 체결할 권한이 없고, 제품공급자에 속하는 물품의 재고를 유지하지 않는다.

나) 청구법인의 업무에는 주문수령, 고객 문의에 대한 응대, 견적ㆍ주문 등이 포함된다. 2017년 1월경 2차 변경계약 당시 ‘선적지원’ 이 이에 포함되었는데, 여기서 말하는 ‘선적지원’이란 청구법인이, BBB가 국내 고객사에게 본 건 시스템 판매의 일부이기는 하나, 본 건 시스템과는 별도로 수입되거나 마케팅 목적으로 수입될 수 있는 부품ㆍ구성품 및 시험장비를 ‘수입ㆍ인도하는 것을 지원’하는 것을 말하고, 해당 부품 등은 청구법인이 BBB에게 공급하는 판매ㆍ마케팅 서비스 및 설치ㆍ보증서비스에 사용될 수 있다. 한편, BBB는 시스템과 그 관련 조건 및 판매수행을 포함하여 모든 사항에 대하여 단독으로 책임이 있고, 화물운송, 관세ㆍ부가가치세 납부의무 등을 포함하여 국내 고객사에 대한 이 건 시스템의 선적에 대한 책임을 단독으로 부담하되, 청구법인이 이와 관련하여 BBB를 지원하면서 지출한 비용을 회수할 수 있는 경우를 제외하고는 청구법인이 직접 부담하는 비용을 상환한다.

다) BBB는 청구법인에게 매월 이 건 계약에 따른 커미션을 지급하는데, 이는 국내 고객사에게 청구된 순금액(세금 및 이자비용 제외)의 4% 상당액으로, 분기별로 양자간 합의에 의해 조정될 수 있다.

3) 이 건 설치 및 하자보증서비스 계약은 이 건 마스터 계약의 하위 계약으로, 청구법인이 BBB를 대신하여 쟁점장비의 설치 및 하자보증 서비스 등을 제공하는 내용인데, 청구법인은 자신의 이름으로 설치ㆍ하자보증 서비스와 공임 노동서비스계약을 체결할 권한이 없고, 서비스 제공과 관련하여 BBB를 대신하여 어떠한 약정도 할 수 없으며, 제품에 대한 하자보증은 BBB로부터 직접 국내 고객사에 대하여 실행되는데, 국내 고객사는 하자가 있다고 보이는 모든 제품을 BBB 또는 청구법인에 반송하는 한편, 용역수수료는 BBB의 책임인 설치ㆍ하자보증 서비스와 공임 노동서비스를 제공할 때 발생하는 비용 합계액에 5%를 가산한 금액으로 하는 것으로 나타난다.

(마) 청구법인의 2019년 6월경 개별기업 보고서의 주요내용은 다음과 같다.

1) 쟁점장비의 경우 BBB가 직접 국내 고객사에게 판매하므로, 청구법인은 쟁점장비에 대한 소유권을 보유하지 않고, BBB가 대부분의 재고 위험을 부담하며, 청구법인은 부품의 재고를 보유하고 있으나, 그 부품의 주문은 국내 고객사의 요구에 근거한 as-need 주문방식을 따른다.

2) 청구법인은 BBB가 국내 고객사에게 판매한 쟁점장비에 대한 판매지원서비스를 제공하는데, 해당 판매지원서비스란 고객의 주문을 BBB에 전달하고, 고객 관계 유지를 위한 활동을 수행하며, 고객에게 신제품을 소개하고, 현지 시장 조사를 수행하며, BBB와 A 해외법인간 커뮤니케이션 채널의 역할을 맡는 것을 말한다.

(바) 청구법인은 BBB가 국내 고객사 중 하나인 CCCㆍDDD에 발송한 견적서 견본, CCCㆍDDD가 BBB에 발송한 구매 발주서 견본, BBB와 CCC 간 거래 관련 선적서류 견본 등을 제출하면서, 해당 자료들에는 쟁점장비의 전체 가격만이 제시되어 있을 뿐, 관련 세부 단위가격은 구분 표시되어 있지 않다고 한다.