한국관세무역개발원

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2015.8.26.부터 2019.9.5.까지 수입신고번호 ○○○ 외 35건으로 ○○○ 소재 ○○○ 등(이하 ‘쟁점판매자’라 한다)의 공장에 설치되어 운용 중에 있던 중고 반도체 장비(이하 ‘쟁점물품’이라 한다)를 직접 해체하여 수입하면서, 쟁점물품의 해체작업(이하 ‘쟁점해체용역’이라 한다)을 수행한 전문용역업체(이하 ‘쟁점용역업체’라 한다)에게 별도로 지급한 쟁점물품의 해체비용(이하 ‘쟁점해체비용’이라 한다)을 그 과세가격에 가산하지 아니한 채 수입신고를 하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 후, 2020.4.29. 청구법인에게 쟁점해체비용이 「관세법」 제30조 제1항 제6호의 운송 관련 비용에 해당하므로 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 부가가치세 등을 과세하겠다는 취지의 과세전통지를 하였고, 청구법인은 2020.5.26. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였다.

다. 처분청은 과세전적부심사가 진행 중인 2020.7.7. 및 2020.10.21. 3개월 이내에 제척기간이 도래하는 수입신고번호 ○○○ 외 3건에 대하여 부가가치세 합계 ○○○원 및 가산세 합계 ○○○원, 총합계 ○○○원을 경정·고지(이하 각각 ‘쟁점①·②부과처분’이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 2020.11.11. 처분청에 쟁점①·②부과처분에 대한 수정수입세금계산서 발급신청(이하 ‘제1차 발급신청’이라 한다)을 하였고, 처분청은 2020.11.20. 위 제1차 발급신청이 「부가가치세법」 제35조 제3항에서 정한 발급신청 기간을 경과하였다는 이유로 이를 각하(이하 ‘제1차 거부처분’이라 한다)하였는데, 청구법인은 제1차 거부처분일부터 90일 이내에 불복을 제기하지 아니하였다.

마. 한편, 처분청 관세심사위원회는 2020.10.15. 과세전통지 건 중 수입신고번호 ○○○ 외 31건에 대하여 쟁점해체비용을 쟁점물품의 과세가격에 가산하기 위해 적용하여야 할 법령을 재조사하도록 결정하였고, 처분청은 재조사를 실시하여 2021.2.2. 청구법인에게 쟁점해체비용이 「관세법」 제30조 제1항 제2호 및 제6호의 포장비용 및 기타 운송 관련 비용에 해당한다는 취지의 재조사 결과 통지와 함께 부가가치세 ○○○원 및 가산세 ○○○원 합계 ○○○원을 경정·고지(이하 ‘쟁점③부과처분’이라 하고, 쟁점①·②부과처분과 합하여 ‘쟁점부과처분’이라 한다)하였다.

바. 청구법인은 2021.2.24. 처분청에 쟁점③부과처분에 대한 수정수입세금계산서 발급신청을 하였고, 처분청은 같은 날 이를 거부(이하 ‘제2차 거부처분’이라 한다)하였다.

사. 청구법인은 쟁점①·②부과처분에 불복하여 2020.10.5. 및 2020.12.10. 각 심판청구를, 쟁점③부과처분 및 제2차 거부처분에 불복하여 2021.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점해체비용은 과세대상이 아니거나 가산요소에 해당하지 아니한다.

(가) 쟁점해체비용은 청구법인의 계산으로 수행된 마케팅 활동비용이므로 과세대상이 아니다.

중고 반도체 장비는 대부분 수출자의 공장에 설치된 채 턴키베이스(Turnkey-base)로 판매되는데, 신규 반도체 장비는 모든 설정 값과 스펙·수리 보증기간이 정해져 있으나, 중고 반도체 장비는 수리 보증기간이 없기 때문에 반출 직전까지 공장라인에서 가동되던 장비의 설정 값과 스펙을 확인하기 위해서 해체작업을 통하여 이를 확인하여야 한다.

전체 반도체 제조 설비에서 판매대상 중고 반도제 장비만을 분리하는 일반적인 작업은 해체작업에 포함되지 아니하고, 해당 장비를 프로세스에 맞게 분리하고 그 데이터 및 스펙 등을 확인하는 작업을 해체작업이라 하는바, 해체작업의 본질은 아래와 같이 중고 반도체 장비를 사용하고자 하는 곳에서 적절하게 구동이 될 수 있도록 장비의 설정값 및 스펙 등을 확인하기 위한 것이다.

① 장비의 설정값 및 스펙 보고서 제출(주목적)

② 검수 시 확인되어 구매가 진행된 장비 상태와 대조

③ 턴키베이스로 라인에 결합된 상태로 구입된 제품을 각각의 판매 단위별 개별기기로 분류

④ 구입 전 파악한 케이블 및 주요 부분품 등이 분실되지 않도록 정리 및 확인(분실방지용 작업)

위와 같이 해체작업은 운송이 시작되기 전에 수행되는 것으로 단순히 공장라인에서 장비를 분리하여 반출하는 작업과는 별개의 작업으로 공장라인에서 이미 분리되어 일반창고에 보관 중인 중고 반도체 장비의 경우에는 별도의 해체작업 없이 수입하여 국내에서 해체작업을 진행하는 경우도 있으므로 해당 작업이 운송을 위하여 필수적으로 수행되어야 하는 분리반출 작업과는 차이가 있다.

「WTO 관세평가협정」 예해 7.1에서 수입물품 구매 이후 구매자가 자신의 계산으로 수행한 활동에 해당하는 경우에는 해당 활동에 소요된 비용이 판매자의 이익을 위하여 직접 또는 간접으로 지급한 금액으로 간주될 수 없다고 규정하고 있고, 같은 예해 16.1에서 수입물품 구매 후 수입하기 전에 구매자가 자기의 계산으로 수행한 활동과 관련된 비용이 가산요소에 해당하지 않는 경우에는 수입물품의 과세가격에 가산하지 않는 것으로 규정하고 있다.

해체작업을 한 기기와 그렇지 않은 기기는 그 가치가 약 50% 정도 차이가 있으므로 해당 용역은 수입 이후 수입국 내에서 물품판매 및 유통을 촉진하기 위한 목표로 수행되는 마케팅 활동인바, 해체작업을 통해 확보된 데이터는 수입 이후 판매전략으로서 부가가치를 상승시키는 주요 정보이다.

청구법인은 쟁점물품 구매 이후에 위와 같은 정보를 확보하기 위하여 자신의 위험(계산)으로 쟁점판매자와 관련이 없는 쟁점용역업체와 계약을 체결하고 해체작업을 진행한 후, 쟁점해체비용을 쟁점용역업체에 별도로 지급하므로 쟁점해체비용과 판매자 간 관련성도 성립하지 아니한바, 쟁점해체비용은 과세대상이 아니다.

(나) 쟁점해체비용은 운송 관련 비용이 아니다.

운송은 운임계약에 따라 수출을 위한 포장을 마친 이후 운송수단에 하역·적재 등을 기점으로 시작하게 되는데, 관세법령상 운임 및 운송 관련 비용은 EXW(Ex-Work, 공장인도조건) 조건을 기준으로 볼 때 판매지점에서 수입물품을 운송수단에 선적하는 시점부터 수입항에 도착하여 본선 하역준비가 완료되는 시점까지 수입자가 부담한 금액으로서 운송사업자가 발행한 운임명세서 등의 서류를 통하여 산출하는 금액을 의미(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47321 판결, 같은 뜻임)한다.

그런데 해체작업은 수입물품 구매 이후, 운송이 시작되기 전에 수행되는 작업으로서 단순히 기계를 라인에서 분리하여 공장 밖으로 반출하고 이를 운송수단에 선적하는 작업과는 차별화된 작업인바, 이에 대한 비용을 운송 관련 비용으로 보아 과세하는 것은 운송의 영역을 지나치게 확대해석한 것이다.

청구법인이 쟁점판매자에게 지급한 물품대금에는 EXW 조건으로 쟁점물품을 수입하면서 수출자의 공장에서 내륙운송수단에 적재하는 일련의 금액이 운송비에 포함되어 있으므로 쟁점물품의 운송 및 운송 관련 비용은 이미 운송비용으로 과세되었다.

처분청이 제시한 선박개장비 사례는 특정 물품을 운송하기 위하여 선박을 개조할 때의 개조비용을 운송 관련 비용으로 과세한다는 것으로 쟁점해체비용과는 관련이 없다.

(다) 쟁점해체비용은 포장비용이 아니다.

포장은 쟁점물품의 해체가 완료된 이후에 운송을 하기 위해 실시하는 것인바, 쟁점해체용역에 장비를 서로 연결하는 케이블 및 밸브가 파손되지 않도록 에어캡 등으로 래핑하는 작업과 해체 이후 분리된 부품들이 분실되지 않도록 래핑하는 작업이 포함되어 있으나, 이는 쟁점물품의 포장이 아닌 전체 해체작업 중 극히 일부분을 구성하는 부수적인 작업에 불과한데도 이를 포장으로 보아 쟁점해체비용 전체를 포장 관련 비용으로 과세하는 것은 지나친 확대해석이다.

처분청은 해체작업의 일부분인 장비별로 지정된 특수장비 장착을 통한 멸실 방지를 이유로 이 건 해체작업이 포장작업이라는 의견이나, 특수장비 장착은 해체용역 중 일부를 구성하는 용역이고, 특수장비의 금액은 전체 견적비용의 약 18%에 불과하다.

한편 해체가 끝난 이후에 쟁점물품의 수출을 위한 목재팔레트 장착 및 특수포장이 별도로 진행되고, 청구법인은 이에 대한 포장비용을 「관세법」 제30조 제1항 제2호에 따라 쟁점물품의 과세가격에 가산하여 신고를 하였다.

(2) 쟁점①·②부과처분에 대한 수정수입세금계산서가 발급되어야 하고, 제2차 거부처분은 취소되어야 한다.

쟁점물품의 관세율은 0%이고, 쟁점물품 수입 시 납부한 부가가치세는 판매 또는 수출시 매입세액 공제를 받거나 환급을 받으므로 쟁점해체비용의 신고누락으로 청구법인이 얻는 실익이 없으며, 수정수입세금계산서 발급 제한의 입법목적이 탈세를 목적으로 고의로 과세표준을 낮춰서 신고하는 행위를 방지하기 위한 것이지 단순 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 귀책사유가 없는 경우까지 발급을 제한하는 것으로 볼 수 없는바(헌법재판소 2016.7.28. 결정 2014헌바372 등, 같은 뜻), 수정수입세금계산서 발급 제한은 과소신고에 대한 가산세와 중복되는 납세자의 재산권을 침해하는 과도한 처분이다.

청구법인은 관련 법령에 따라 운임 관련 가산비용을 성실히 신고하여 왔고, 2015년부터 2019년까지 포워더의 오류로 인한 운임 정정 및 운임 추가 등 3건에 대하여 수정신고를 하였는바, 청구법인이 쟁점해체비용을 고의로 쟁점물품의 과세가격에서 누락시켰다고 볼 수 없고 이는 단순 착오 및 경미한 과실에 해당한다.

한편 관련 법령 등에서 가산요소에 해당하지 않는 경우 실제지급가격에 어떠한 비용도 가산되어서는 안 된다고 규정하고 있는바, 가산요소에 해당하지 않는 비용을 청구법인이 자의적으로 해석하여 가산하는 것도 이에 위배될 수 있고, 처분청 관세심사위원회에서 당초 처분청이 쟁점해체비용을 단순히 운송 관련 비용으로서 과세하려는 논리는 ‘운송을 지나치게 확대해석한 것’이라는 청구주장을 일부 인정하여 재조사를 결정할 정도로 쟁점해제비용의 과세 여부는 전문성이 필요한 사항이다.

따라서 쟁점해체비용이 쟁점물품의 과세가격에 포함되는 비용이라 하더라도 이는 관세청장이 정한 「수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침」(이하 ‘쟁점세금계산서지침’이라 한다) 제12조 제1항 제1호 가목에서 정한 가산요소의 존재를 인식하는 데 상당한 전문성이 요구되어 통상의 주의만으로 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에 해당하므로 이 건 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점해체비용은 쟁점물품의 거래가격을 구성하므로 쟁점물품의 과세가격에 포함되어야 한다.

(가) 쟁점해체비용은 포장비용과 기타 운송 관련 비용의 성격을 모두 포함하고 있으므로 쟁점물품의 과세가격에 가산되어야 한다.

중고 반도체 장비는 대부분 수출자의 공장에 설치된 상태로 거래가 이루어지는데, 청구법인은 그 설치된 상태에서 해당 장비를 검수한 이후 구매여부를 결정하고 있고, 일부는 이미 해체된 장비를 구매하는 경우도 있다.

중고 반도체 제조장비는 생산 라인에 설치된 상태에서 턴키베이스로 판매되므로 해당 장비를 프로세스에 맞게 분리하고 기계의 데이터 및 스펙 등을 확인하는 작업을 거쳐야 하는데, 이를 해체작업이라 하고, 중고 반도체 장비의 거래 특성상 해체작업은 해당 장비를 수입하기 위하여 필수적으로 선행되어야 한다.

청구법인은 해체작업의 주목적이 아래와 같이 검수 시 확인하지 못한 장비의 설정값 및 스펙 보고서 제출 등이라고 주장하나, 청구법인이 제출한 해체보고서를 살펴보면 해당 용역의 주요 내용은 장비를 부분별로 분리·고정·포장하는 작업으로 파악되고, 전문 해체용역업체들의 견적서상 해체비용은 인건비·장비 해체 및 고정을 위한 공구비용·여행경비 등으로 해체비용의 대부분은 인건비와 이에 사용된 공구 비용으로 나타난다.

① 검수 시 확인하지 못한 장비의 설정값 및 스펙 보고서 제출(주목적)

② 검수 시 확인되어 구매가 진행된 장비 상태와 대조

③ 케이블 분리 및 마킹(재설치 시 연결 작업을 위한 사전 작업)

④ 모듈 분리(각 장비별 표준 분리 규격에 맞춰 진행함)

⑤ 장비별로 지정된 특수장비 장착을 통해 파손 멸실 방지(Jig, Locking tool, Shipping bracket)

한편 청구법인이 전문 해체용역업체와 체결한 관련 계약서 및 견적서에 장비의 설정값 및 스펙 정보 제공이 필수조건으로 명시되어 있지 않고, 사전 검수과정에서 이미 장비의 설정값 및 스펙 정보를 입수하고 있으며, 장비의 해체과정에서 확인한 정보가 쟁점물품의 거래가격에 영향을 주지 않는 점 등을 고려할 때 쟁점해체비용에 해당 정보를 확인하기 위한 비용이 별도로 책정되었다고 보기 어려운바, 결국 이 건 해체작업은 쟁점물품의 수입을 위한 포장과 운송을 위한 것이다.

한편 이 건 해체작업은 운송을 용이하게 하기 위한 목적도 있지만 쟁점판매자의 공장에서 쟁점물품을 안전하게 해체하기 위한 목적이 더 크다 할 것이고, 해체작업은 쟁점물품의 반출을 위한 필수작업인바, 이는 쟁점물품의 가격과 분리하여 생각할 수 없는 비용이므로 쟁점물품의 과세가격에 가산되어야 한다.

또한 쟁점해체비용은 수출자의 공장에 설치된 상태로 장비를 반출하는데 수반되는 장비의 분리와 포장을 위한 용역비용과 장비파손을 방지하기 위한 포장용구 등의 비용, 작업자 여행경비 등으로 구성되어 있는바, 미국 연방규정 제19편 제152관 152.102조 (e)항의 포장비용의 정의, 판매자로부터 물품을 선택하는 비용 및 환경조절·진공포장·수출용 상자 등에 물품을 적재하는 비용도 포장비용에 포함된다는 취지의 미국 관세평가 사례(542834, 1982.7.20.), 수입물품을 운송하기 위해 발생되는 선박개장비 등도 기타 운송 관련 비용으로서 과세가격에 포함된다는 취지의 우리나라 관세평가사례 등에 비추어 보면, 쟁점해체비용은 포장비용 및 기타 운송 관련 비용으로서 쟁점물품의 과세가격에 가산되어야 한다.

(나) 쟁점해체비용을 기타 운송 관련 비용으로 볼 수 없다 하더라도 쟁점물품의 과세가격을 구성한다는 점에는 변함이 없다.

세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하여야 하고, 이는 「관세법」을 해석·적용할 때에도 마찬가지이다(대법원 2016.08.30. 선고 2015두52098 판결).

처분청은 당초 쟁점해체비용을 「관세법」 제30조 제1항 제6호의 기타 운송 관련 비용에 해당한다고 보아 쟁점①·②부과처분을 하였는데, 처분청 관세심사위원회에서 쟁점해체비용을 기타 운송 관련 비용만으로 가산하는 것은 문제가 있으므로 그 적용 법조를 재조사하도록 결정하였는바, 이는 쟁점해체비용이 「관세법」 제30조 제1항의 어느 가산요소에 해당하는지를 다시 검토하라는 것일 뿐, 쟁점물품의 과세가격에 마땅히 포함되어야 함을 분명히 한 것으로 쟁점해체비용은 그 성격상 명칭에 관계없이 가산요소에 해당하므로 이 건 부과처분은 적법·타당하다.

(2) 쟁점해체비용의 신고누락은 청구법인의 자의적인 해석에 따라 이루어졌으므로 수정수입세금계산서 발급 대상이 아니다.

(가) 발급신청 기간을 경과한 제1차 발급신청과 관련된 심판청구는 각하되어야 한다.

「부가가치세법」 제35조 제3항에서 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우에는 수입하는 자가 「국세기본법」 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 부과제척기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있도록 규정하고 있다.

청구법인은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지난 2020.11.11. 처분청에 쟁점①·②부과처분에 대한 수정수입세금계산서 발급을 신청하였고, 처분청은 해당 발급신청이 위 법령에서 정한 신청 기간을 도과하였기에 이를 각하하였는바, 이와 관련된 심판청구는 부적법하므로 각하되어야 한다.

(나) 쟁점해체비용의 신고누락은 단순 착오나 경미한 과실 등으로 볼 수 없으므로 제2차 거부처분은 적법·타당하다.

청구법인이 CIF 조건으로 수입한 중고 반도체 장비에는 수출자가 수행한 해체비용이 수입물품의 거래가격에 포함되어 있고, 청구법인은 이러한 조건으로 수입되는 중고 반도체 장비에 대해서는 해제비용을 해당 수입물품의 과세가격에 포함하여 신고해 왔다.

현행 「관세법」상 수입물품의 과세가격은 CIF 기준으로 결정하는바, 중고 반도체 장비의 해체작업의 주체가 수출자가 아닌 청구법인으로 변경된 사정이나 CIF 기준이 아닌 EXW 조건으로 수입하기로 한 사정 등을 쟁점해체비용이 쟁점물품의 과세가격에서 제외되는 것으로 오인할 만한 사정으로 볼 수 없다.

따라서 쟁점해체비용이 쟁점물품의 과세가격을 구성함에도 청구법인이 자의적인 해석에 따라 이를 과세가격에서 누락한 것이 명백한바, 이는 관련 법령에서 수정수입세금계산서 발급 사유로 규정한 ‘수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’로 볼 수 없으므로 이 부분에 관한 청구는 기각되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점해체비용을 포장비용 및 운송 관련 비용으로 보아 쟁점물품의 과세가격에 가산하여 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

② 수정수입세금계산서 발급신청을 거부한 제2차 거부처분의 당부

③ 제1차 거부처분에 대한 심판청구가 부적법한 청구인지 여부

나. 관련 법률(발췌)

■ 「관세법 시행령」 제20조(운임 등의 결정)

① 법 제30조 제1항 제6호의 규정에 의한 운임 및 보험료는 당해 사업자가 발급한 운임명세서·보험료명세서 또는 이에 갈음할 수 있는 서류에 의하여 산출한다.

⑤ 법 제30조 제1항 제6호의 본문의 규정에 의한 금액은 당해 수입물품이 수입항에 도착하여 본선하역준비가 완료될 때까지 수입자가 부담하는 비용을 말한다.

■ 「국세기본법」 제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 ‘부과제척기간’이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 ‘국제거래’라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점물품은 해외 수출자의 공장에 설치된 상태(As-is where)로 구매한 중고 반도체 장비로 청구법인이 직접 쟁점용역업체를 선정 및 쟁점해체용역을 의뢰한 후 쟁점용역업체에게 쟁점해체비용을 지급하였는데, 처분청은 쟁점해체비용이 「관세법」 제30조 제1항 제6호의 기타 운송 관련 비용에 해당한다고 보아, 2020.4.29. 청구법인에게 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 부가가치세 등을 과세하겠다는 취지의 관세조사 결과 및 과세전통지를 하였고, 청구법인은 2020.5.26. 처분청에 과세전적부심사를 청구하였다.

(나) 처분청은 2020.7.7. 쟁점①부과처분을 하였는데, 청구법인은 수정수입세금계산서 발급신청을 하지 아니한 채 이에 불복하여 2020.10.5. 1차 심판청구를 제기(조심 2020관179)하면서 수정수입세금계산서가 발급되어야 한다는 청구취지를 청구이유서에 포함하였다.

(다) 처분청은 2020.10.21. 쟁점②부과처분을 하였고, 청구법인은 2020.11.11. 처분청에 쟁점①·②부과처분에 대하여 수정수입세금계산서 제1차 발급신청을 하였으며, 처분청은 2020.11.20. 수정수입세금계산서 발급신청 기간(국세 부과제척기간)이 경과하였다는 이유로 제1차 거부처분을 하였는데, 청구법인은 2020.12.10. 쟁점②부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하면서 그 심판청구서에서 제1차 거부처분에 대해서는 불복하지 아니하였다가, 2021.4.1.(제1차 거부처분일로부터 132일이 경과하였다) 제출한 항변서에서 제1차 거부처분의 취소를 주장하였다.

(라) 이후 처분청은 2021.2.2. 및 2021.2.24. 청구법인에게 쟁점③부과처분 및 제2차 거부처분을 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.12. 심판청구를 제기하였다.

(마) 처분청이 예시로 제시한 수입신고번호 ○○○ 외 1건과 관련된 쟁점해체용역업체의 견적서상 금액은 대부분 공장에서 장비를 해체(Deinstallation : System tier down, Unlocking chambers and deintallation hardware, Hardware Packing and list up)하는 비용(처분청은 해당 비용이 인건비라는 의견이다)과 여행경비 및 공구의 비용으로 나타나고, 데이터 및 스펙의 확인과 관련된 작업비용은 나타나지 아니한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점해체비용이 구매자가 자기의 부담으로 행한 활동(비용)이므로 쟁점물품의 과세가격에 포함되어서는 안 되고, 운송 관련 비용 및 포장비용으로도 볼 수 없으므로 쟁점부과처분이 취소되어야 한다는 취지로 주장하나,

쟁점판매자의 공장 내에 설치된 반도체 제조 설비의 일부에 해당하는 쟁점물품을 수입하기 위해서는 해당 설비로부터 쟁점물품을 분리하고 무진동 장비와 같은 특수장비 및 공구(jig)를 사용하여 고정하거나 소포장을 하는 쟁점해제용역이 반드시 선행되어야 하는 것으로 보이는 점, 이는 쟁점물품을 용이하게 운송하거나 안전하게 운송하기 위한 사전작업으로 보이므로 쟁점해체비용은 포장비용 또는 운송 관련 비용에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 수입한 중고 반도체 장비 중에는 해외 수출자가 해체하는 조건으로 수입하는 경우도 있는데, 그러한 경우에는 물품가격에 해당 해체비용이 반영되어 있는 점, 쟁점판매자는 청구법인이 직접 쟁점물품의 해체작업을 하는 것을 조건으로 하여 해체비용에 해당하는 금액만큼을 공제하고 쟁점물품의 거래가격을 결정한 것으로 보이고, 그러한 거래조건으로 인해 쟁점판매자의 공장 내에서 청구법인이 직접 쟁점물품의 해체작업을 할 수 있었던 것으로 보이는 점, 따라서 쟁점해체비용은 쟁점물품의 가격(또는 가치)을 구성하는 것으로 보이고, 이를 관세법령에서 규정한 가산요소로 볼 수 없다 하더라도, 「관세법」 제30조 제2항에 따른 간접지급금액으로 볼 여지도 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점해체비용을 쟁점물품의 과세가격에 가산하여 관세 등을 과세한 쟁점부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점해체비용이 가산요소에 해당하는지를 판단하는데 상당한 전문성이 요구되어 통상의 주의만으로 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에 해당하므로 제2차 거부처분이 취소되어야 한다는 취지로 주장하나,

쟁점물품을 수입하기 위해서는 쟁점해체용역이 반드시 필요하므로 쟁점해체비용은 포장비용 및 운송 관련 비용에 해당하는 것으로 보임에도 청구법인이 쟁점해제비용의 과세여부에 대하여 확인을 한 사실이 없는 점, 설사 쟁점해체비용이 가산요소에 해당하는지 여부를 판단하기 어렵다 하더라도, 청구법인은 이미 해체가 완료된 상태의 중고 반도체 장비나 해외 수출자가 해체하는 조건으로 중고 반도체 장비를 수입할 때에는 해체비용을 포함하여 물품대금을 지급하였으므로 쟁점해체비용이 쟁점물품의 과세가격을 구성한다는 점은 명백한 것으로 보임에도 청구법인이 쟁점물품의 과세가격에 이를 가산하여 신고하려는 노력을 기울이지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 수정수입세금계산서 발급을 거부한 제2차 거부처분이 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2020.10.5.자 심판청구(조심 2020관179) 시에는 수정수입세금계산서 발급신청을 하지 아니한 채 단순히 이를 발급하여 달라는 청구를 하였고, 이후 2020.11.11. 쟁점①·②부과처분에 대하여 수정수입세금계산서 제1차 발급신청을 하여 처분청이 2020.11.20. 제1차 거부처분을 하였는데, 청구법인이 2020.12.10.자 심판청구 시에는 제1차 거부처분에 대하여 심판청구를 제기하지 아니한 채 쟁점②부과처분에 대하여만 심판청구를 제기하였다가, 제1차 거부처분일부터 132일이 경과한 2021.4.1.자 항변서에서야 비로소 수정수입세금계산서를 발급하여 달라는 취지의 주장을 하였으므로 제1차 거부처분에 대하여 적법한 심판청구가 있다고 보기 어려운 점, 이와 달리 설령 제1차 거부처분에 대하여 심판청구가 제기된 것으로 본다 하더라도, 청구법인이 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 경과하여 쟁점①·②부과처분에 대한 수정수입세금계산서 발급신청을 하여 처분청이 이를 각하하였으므로 이와 관련된 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.